Phân tích quy định cụ thể, Tổng cục Hải quan cho biết, theo quy định tại khoản 3 Điều 14 Thông tư số 39/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định về trị giá hải quan của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, thì khoản phí cấp phép nhãn hiệu theo trình bày của công ty "2% của tổng doanh thu bán hàng thực tế (được tính trong khoảng thời gian 6 tháng/1kỳ)" là khoản phí bản quyền, phí giấy phép phải cộng vào trị giá hải quan nếu đáp ứng đủ 3 điều kiện quy định tại khoản 3 Điều 14 Thông tư này.

Căn cứ quy định tại điểm b khoản 8 Điều 14 Thông tư 39/2015/TT-BTC Bộ Tài chính (có hiệu lực từ 1-4-2015) thì trường hợp phí bản quyền, phí giấy phép không xác định tại thời điểm đăng ký tờ khai thì trong thời hạn 5 ngày kể từ ngày thực trả, người khai phải thực hiện khai báo, tính số thuế phải nộp đối với khoản phí bản quyền, phí giấy phép thực tế đã trả trên tờ khai bổ sung sau thông quan, đồng thời nộp đủ số tiền thuế theo quy định.

Căn cứ vào quy định nêu trên và trình bày của Công ty tại công văn số 146/TVN-EXIM nêu trên thì khoản phí bản quyền thực trả được thực hiện kê khai và tính thuế bổ sung. Theo đó, thuế nhập khẩu và thuế GTGT bổ sung được tính dựa trên phí bản quyền thực tế đã trả trên tổng doanh thu bán hàng thực tế.

Theo đó, Công ty TNHH Toto Việt Nam căn cứ các quy định nêu trên, đối chiếu với hồ sơ thực tế nhập khẩu để thực hiện theo quy định. Đồng thời, Tổng cục Hải quan cũng đề nghị các Cục Hải quan nêu trên căn cứ vào quy định hiện hành và hồ sơ nhập khẩu của DN để thực hiện thu đủ tiền thuế vào Ngân sách nhà nước.