Theo đó, Thông tư áp dụng với đối tượng quản lý dự án bao gồm nhóm các chủ đầu tư do người quyết định đầu tư giao, Ban quản lý dự án (BQLDA) đầu tư xây dựng 1 dự án do chủ đầu tư quyết định thành lập theo quy định tại Điều 19 Nghị định số 59/2015/NĐ-CP (Nhóm I).

Đồng thời, áp dụng đối với nhóm các BQLDA đầu tư xây dựng chuyên ngành; BQLDA đầu tư xây dựng khu vực do Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ở trung ương, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện thành lập theo quy định tại Khoản 7 Điều 1 Nghị định số 42/2017/NĐ-CP (Nhóm II).

Thông tư quy định về quản lý, sử dụng các khoản thu của các chủ đầu tư và ban quản lý dự án nhóm I. Theo đó, với nhóm chủ đầu tư, BQLDA nhóm I thực hiện việc lập dự toán, quyết toán thu chi theo quy định sau:

Chủ đầu tư, BQLDA quản lý một dự án có tổng mức đầu tư nhỏ hơn 15 tỷ đồng không phải lập và duyệt dự toán thu, chi quản lý dự án; nhưng phải tuân thủ các nội dung chi quy định tại Điều 11 Thông tư này và không vượt định mức trích theo quy định.

Căn cứ điều kiện cụ thể của dự án, chủ đầu tư quyết định việc lập và phê duyệt một dự toán chung cho cả chủ đầu tư và BQLDA sử dụng hoặc lập và duyệt 02 dự toán thu, chi quản lý dự án riêng cho chủ đầu tư và BQLDA để thuận tiện sử dụng.

Theo Thông tư, đối với nhóm II, nguyên tắc thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính theo quy định sau:

Hoàn thành nhiệm vụ được giao. Đối với hoạt động cung cấp dịch vụ tư vấn đầu tư xây dựng phải phù hợp với chức năng, nhiệm vụ được giao, phù hợp với khả năng chuyên môn và tài chính của đơn vị, không ảnh hưởng đến nhiệm vụ chính của đơn vị.

Đồng thời, thực hiện công khai, dân chủ theo quy định của pháp luật. Thực hiện quyền tự chủ phải gắn với trách nhiệm trước cơ quan quản lý cấp trên trực tiếp và trước pháp luật về những quyết định của mình; đồng thời chịu sự kiểm tra, giám sát của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Bảo đảm lợi ích của Nhà nước, quyền, nghĩa vụ của tổ chức, cá nhân theo quy định của pháp luật.

Về sử dụng kết quả hoạt động tài chính trong năm, Thông tư quy định, hằng năm sau khi trang trải các khoản chi phí, nộp thuế và các khoản nộp khác theo quy định, phần chênh lệch thu lớn hơn chi thường xuyên (nếu có), BQLDA được trích lập tối thiểu 25% để lập Quỹ Phát triển hoạt động sự nghiệp.

Đồng thời, được trích lập quỹ bổ sung thu nhập tối đa không quá 3 lần quỹ tiền lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp lương đối với cán bộ, công chức, viên chức do Nhà nước quy định.

Đối với quỹ khen thưởng, quỹ phúc lợi, mức trích đối với 2 quỹ này không quá 3 tháng tiền lương, tiền công bình quân thực hiện trong năm. Phần chêch lệch thu lớn hơn chi còn lại (nếu có) sau khi đã trích lập các quỹ theo quy định được bổ sung vào Quỹ Phát triển hoạt động sự nghiệp.

Kết thúc năm kế hoạch, trong thời hạn 90 ngày, kể từ ngày kết thúc kỳ kế toán năm theo quy định của pháp luật, BQLDA lập báo cáo tài chính theo quy định của chế độ kế toán áp dụng cho đơn vị chủ đầu tư, đồng thời lập báo cáo quyết toán thu, chi trình cơ quan thẩm quyền theo quy định tại Khoản 1 Điều 21 phê duyệt để làm cơ sở lập dự toán năm sau.

Thông tư nêu rõ, đối với các chi phí quản lý dự án của chủ đầu tư, BQLDA chưa được quyết toán của các năm trước do thực hiện quy định tại các Thông tư số 10/2011/TT-BTC, Thông tư số 17/2013/TT-BTC và Thông tư số 05/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính thay thế các Thông tư trên thì không phải thực hiện quyết toán lại theo quy định tại Thông tư này.

Trường hợp các dự án đã lập báo cáo quyết toán dự án hoàn thành gửi cơ quan phê duyệt trước khi Thông tư này có hiệu lực thì việc lập báo cáo quyết toán thu, chi quản lý dự án được thực hiện theo quy định tại Thông tư số 05/2014/TT-BTC và không phải xác định lại chi phí quản lý dự án theo giá trị được phân bổ tại Thông tư này.