Tổng cục Thuế quy định, cơ quan thuế có trách nhiệm bồi thường thiệt hại trong các trường hợp sau đây: Ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính trái pháp luật; áp dụng biện pháp ngăn chặn và bảo đảm việc xử lý vi phạm hành chính trái pháp luật; áp dụng biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính trái pháp luật; áp dụng thuế, phí, lệ phí trái pháp luật; thu thuế, phí, lệ phí trái pháp luật; truy thu thuế, hoàn thuế trái pháp luật; thu tiền sử dụng đất trái pháp luật…

Về nguyên tắc giải quyết bồi thường nhà nước, Quy chế nêu rõ, việc giải quyết yêu cầu bồi thường được thực hiện theo quy định của pháp luật trách nhiệm bồi thường của Nhà nước. Cơ quan thuế giải quyết yêu cầu bồi thường sau khi có văn bản làm căn cứ yêu cầu bồi thường.

Việc giải quyết yêu cầu bồi thường được thực hiện kịp thời, công khai, bình đẳng, thiện chí, trung thực, đúng pháp luật; được tiến hành trên cơ sở thương lượng giữa cơ quan giải quyết bồi thường và người yêu cầu bồi thường theo quy định của Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước năm 2017.

Để xác định cơ quan giải quyết bồi thường trong một số trường hợp cụ thể, Tổng cục Thuế quy định, trường hợp người yêu cầu bồi thường đồng thời yêu cầu cơ quan Thuế trực tiếp quản lý công chức thi hành công vụ gây thiệt hại và Tòa án có thẩm quyền giải quyết yêu cầu bồi thường thì cơ quan đã thụ lý yêu cầu bồi thường trước là cơ quan giải quyết bồi thường.

Trường hợp có nhiều người thi hành công vụ thuộc nhiều cơ quan cùng gây thiệt hại thì cơ quan thuế là cơ quan giải quyết bồi thường trong trường hợp cơ quan thuế chủ trì thực hiện nhiệm vụ.

Trường hợp không có sự thống nhất về cơ quan giải quyết bồi thường thì cơ quan quản lý nhà nước về công tác bồi thường nhà nước có thẩm quyền xác định cơ quan giải quyết bồi thường.

Trường hợp tại thời điểm thụ lý yêu cầu bồi thường mà công chức thuế gây thiệt hại không còn làm việc tại cơ quan Thuế quản lý người đó tại thời điểm gây thiệt hại thì cơ quan thuế giải quyết bồi thường là cơ quan quản lý công chức thuế tại thời điểm gây thiệt hại.

Trường hợp cơ quan thuế giải quyết bồi thường đã được chia, tách, sáp nhập, hợp nhất hoặc bị giải thể thì cơ quan thuế kế thừa chức năng, nhiệm vụ của cơ quan thuế đó là cơ quan giải quyết bồi thường; trường hợp không có cơ quan Thuế nào kế thừa chức năng, nhiệm vụ của cơ quan thuế đã bị giải thể thì cơ quan thuế đã ra quyết định giải thể là cơ quan giải quyết bồi thường.

Trường hợp có sự ủy quyền hoặc ủy thác thực hiện công vụ thì cơ quan thuế ủy quyền hoặc cơ quan thuế ủy thác là cơ quan giải quyết bồi thường; trường hợp cơ quan thuế được ủy quyền hoặc nhận ủy thác thực hiện không đúng nội dung ủy quyền, ủy thác gây thiệt hại thì cơ quan thuế được ủy quyền, nhận ủy thác là cơ quan giải quyết bồi thường.