Theo Quy chế, việc trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế các cấp, bao gồm: Trao đổi, cung cấp thông tin về người nộp thuế thực hiện xuất khẩu, nhập khẩu; Phối hợp đánh giá và áp dụng kết quả đánh giá tuân thủ, xếp hạng rủi ro doanh nghiệp trong quản lý hải quan, quản lý thuế; Phối hợp đánh giá, công nhận và áp dụng chế độ ưu tiên trong quản lý hải quan, quản lý thuế đối với doanh nghiệp được công nhận theo quy định của pháp luật; Phối hợp thực hiện các biện pháp thu hồi nợ thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, thực hiện các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về thuế, hải quan; Phối hợp xử lý những bất cập, vướng mắc trong quy trình nghiệp vụ và thực hiện các biện pháp nghiệp vụ trong quản lý hải quan, quản lý thuế...

Theo đó, Tổng cục Hải quan, Tổng cục Thuế, các đơn vị thuộc cơ quan Tổng cục Hải quan và Tổng cục Thuế; Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố và Cục Thuế tỉnh, thành phố; Chi cục Hải quan, đơn vị tương đương và Chi cục Thuế trong trao đổi, cung cấp thông tin phải đảm bảo kịp thời, chính xác và đầy đủ theo quy định tại Quy chế mới này đồng thời với các quy định khác của pháp luật.

Ngoài ra, việc ứng dụng hệ thống công nghệ thông tin kết nối, chia sẻ, tích hợp thông tin, dữ liệu phù hợp với điều kiện hệ thống thông tin của mỗi cơ quan trong từng thời kỳ;

Công tác trao đổi thông tin, dữ liệu giữa hai cơ quan chỉ sử dụng cho mục đích nghiệp vụ của cơ quan được cung cấp. Khi nhận được yêu cầu cung cấp thông tin cho bên thứ ba (không thuộc cơ quan Hải quan, cơ quan Thuế) phải trao đổi và được sự đồng ý bằng văn bản của cơ quan cung cấp. Đối với thông tin trao đổi giữa hai cơ quan thuộc danh mục thông tin mật, bên tiếp nhận thông tin có trách nhiệm quản lý, sử dụng theo quy định của pháp luật về bảo vệ bí mật nhà nước;

So với Quy chế trước đây, Quy chế mới được Bộ Tài chính quy định rõ, trong vòng 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị, bên cung cấp thông tin có trách nhiệm thông báo bằng văn bản cho bên đề nghị.

Việc phối hợp xử lý các vi phạm về hải quan, thuế phải thực hiện theo đúng quy định của pháp luật. Hành vi vi phạm của doanh nghiệp thuộc thẩm quyền xử lý của cơ quan nào thì chuyển hồ sơ về cơ quan đó xử lý. Kết quả xử lý được thông báo cho cơ quan chuyển giao biết…