Trong quá trình triển khai thực hiện cũng như tại các Hội nghị tập huấn tại thành phố Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh… Tổng cục Hải quan đã nhận được phản ánh vướng mắc của một số Cục Hải quan địa phương và cộng đồng doanh nghiệp về thủ tục báo cáo quyết toán đối với hoạt động gia công và sản xuất xuất khẩu.

Ngày 10/7/2015, Tổng cục Hải quan đã có công văn số 6330/TCHQ-GSQL giải đáp vướng mắc Thông tư số 38/2015/TT-BTC trong đó hướng dẫn cụ thể việc thực hiện báo cáo quyết toán theo quy tại Điều 60 Thông tư số 38/2015/TT-BTC. Đồng thời, tại Điểm 7 Công văn 18195/BTC-TCHQ ngày 08/12/2015 của Bộ Tài chính cũng đã hướng dẫn cụ thể việc lập báo cáo quyết toán theo năm tài chính đối với loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu, và doanh nghiệp chế xuất.

Ngoài ra, đối với loại hình sản xuất xuất khẩu, theo phản ánh của các doanh nghiệp có hoạt động sản xuất xuất khẩu, ngoài việc thực hiện thủ tục hoàn thuế, không thu thuế đối với các tờ khai nhập khẩu nguyên liệu khi đến thời hạn theo quy định, doanh nghiệp còn phải lập báo cáo quyết toán theo mẫu số 15/BCQT-NVL/GSQL ban hành kèm Thông tư số 38/2015/TT-BTC. Để giảm bớt thủ tục, tạo điều kiện cho hoạt động sản xuất của doanh nghiệp, ngày 02/11/2015, Bộ Tài chính đã có công văn số 16120/BTC-TCHQ hướng dẫn việc nộp báo cáo quyết toán theo Điều 60 Thông tư số 38/2015/TT-BTC. Theo đó, doanh nghiệp thực hiện loại hình sản xuất xuất khẩu chưa phải thực hiện báo cáo quyết toán theo mẫu số 15/BCQT-NVL/GSQL ban hành kèm Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

Căn cứ hướng dẫn trên thì doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp gia công mới phải thực hiện báo cáo quyết toán theo mẫu số 15/BCQT-NVL/GSQL ban hành kèm Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

Để DN có số liệu báo cáo chính xác cho cơ quan Hải quan theo quy định tại Điều 60 Thông tư 38/2015/TT-BTC, Bộ Tài chính vừa có hướng dẫn cụ thể Hải quan địa phương và DN cách thức thực hiện. Theo đó, thời điểm để tính ngày chốt tồn nguyên vật liệu là ngày kết thúc năm tài chính. Ví dụ, năm tài chính của DN bắt đầu từ 1/1/2015 đến 31/12/2015 thì ngày chốt tồn nguyên vật liệu là ngày 31/12/2015.Đồng thời, số liệu trên bảng báo cáo quyết toán nguyên liệu, vật tư, thành phẩm sản xuất từ nguồn nhập khẩu được lấy theo số liệu kế toán của DN.

Trị giá ghi trên bảng báo cáo quyết toán là tổng trị giá của nguyên vật liệu nhập khẩu, thành phẩm được sản xuất từ nguồn nhập khẩu phát sinh trong năm tài chính. Ví dụ, trong năm tài chính từ 1-1-2015 đến 31/12/2015, DN phát sinh 1.000 tờ khai nhập khẩu nguyên vật liệu để sản xuất hàng xuất khẩu thì ghi tổng trị giá của nguyên vật liệu nhập khẩu được ghi nhận trên sổ sách kế toán vào cột số 5 trên bảng báo cáo quyết toán nguyên liệu, vật tư, thành phẩm sản xuất từ nguồn nhập khẩu.