Việt Nam đang trong giai đoạn chủ động mở cửa nền kinh tế, các Doanh nghiệp tham gia và hội nhập ngày càng sâu rộng vào nền kinh tế thế giới, đóng góp tích cực vào việc thu hút nguồn vốn FDI. Tuy nhiên, cùng với các yếu tố tích cực, các hành vi gian lận thuế của các doanh nghiệp, trong đó có doanh nghiệp có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài (FDI) cũng phát sinh rất đa dạng, trong đó tinh vi và phức tạp nhất là các hành vi gian lận thuế qua định giá chuyển nhượng. Các hành vi này đã làm giảm số thu về thuế, gây thất thu cho ngân sách nhà nước, đồng thời tạo ra môi trường cạnh tranh thiếu công bằng, bình đẳng giữa các doanh nghiệp, ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất kinh doanh của các Doanh nghiệp trong nước, tác động lớn đến nguồn thu NSNN.

Để quản lý thuế đối với hoạt động giá chuyển nhượng, năm 2012 Tổng cục Thuế đã thành lập Tổ Quản lý giá chuyển nhượng hoạt động theo hình thức kiêm nhiệm với 04 nhiệm vụ chính gồm: nghiên cứu các giải pháp quản lý thuế đối với hoạt động chuyển giá; Xây dựng hệ thống cơ sở dữ liệu phục vụ cho quản lý thuế đối với hoạt động chuyển giá; Xây dựng quy trình thanh tra, kiểm tra đối với hoạt động chuyển giá, tài liệu hướng dẫn thanh tra, kiểm tra đối với hoạt động chuyển giá; Thực hiện đào tạo, tập huấn kỹ năng cho công chức trong các đơn vị ngành thuế.

Sau 3 năm hoạt động dưới hình thức Tổ Quản lý thuế đối với hoạt động chuyển giá đã đạt được những kết quả, bước đầu đã kiểm soát một số hoạt động chuyển giá, việc kê khai của các doanh nghiệp có quan hệ liên kết đã từng bước đi vào nền nếp, được cộng đồng xã hội đánh giá tốt. Qua quá trình hoạt động dưới hình thức Tổ quản lý giá chuyển nhượng, Tổng cục Thuế nhận thấy cần có một đơn vị chuyên trách, độc lập để tiếp tục triển khai toàn bộ các nội dung liên quan đến quản lý thuế đối với giao dịch liên kết. Do đó, Tổng cục Thuế trình Bộ Tài chính Quyết định thành lập Phòng Thanh tra giá chuyển nhượng thuộc Thanh tra Tổng cục Thuế và Phòng Thanh tra giá chuyển nhượng tại 4 Cục Thuế tỉnh, thành phố: Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh, Bình Dương, Đồng Nai để lãnh đạo, chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về việc thanh tra xác định giá chuyển nhượng; hỗ trợ, xử lý các vướng mắc có liên quan đến thanh tra giá chuyển nhượng trong toàn ngành.

Với việc thành lập Phòng Thanh tra giá chuyển nhượng thuộc Thanh tra Tổng cục Thuế, với các nhiệm vụ cụ thể được giao theo Quyết định 1575/QĐ-TCT ngày 01 tháng 9 năm 2015, Tổng cục Thuế tin tưởng sẽ tạo nên bước chuyển biến mới trong công tác quản lý giá chuyển nhượng, tạo môi trường cạnh tranh bình đẳng, công bằng giữa các doanh nghiệp, ngăn chặn các hành vi gian lận thuế qua định giá chuyển nhượng qua đó hạn chế tình trạng thất thu ngân sách nhà nước.