Thực hiện Đề án sắp xếp hệ thống cơ quan thanh tra theo hướng tinh gọn, hiệu lực, hiệu quả, trong thời gian qua, Thanh tra  Chính phủ đã tích cực phối hợp với các đơn vị liên quan thực hiện tốt việc tiếp nhận tổ chức thanh tra của 12 bộ, ngành gồm: Bộ Tư pháp, Bộ Nội vụ, Bộ Tài chính, Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ Văn hóa - Thể thao và Du lịch, Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Ngoại giao, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Xây dựng, Bộ Công Thương, Bộ Y tế, Ban Tôn giáo Chính phủ và Ủy ban Dân tộc.

Cùng với việc tiếp nhận công chức, thanh tra viên từ các bộ chuyển về, Thanh tra Chính phủ cũng tiếp nhận toàn bộ kế hoạch thanh tra hành chính năm 2025 và các hồ sơ tài chính, tài sản, trang thiết bị kèm theo.

Ngoài 12 đơn vị trên, Thanh tra Bộ Quốc phòng, Thanh tra Bộ Công an, Thanh tra Ngân hàng Nhà nước, Thanh tra Cơ yếu, Thanh tra Cục An toàn bức xạ và hạt nhân, Thanh tra Cục Hàng hải Việt Nam, Thanh tra Cục Hàng không Việt Nam, Thanh tra Ủy ban Chứng khoán Nhà nước sẽ duy trì tổ chức và hoạt động.

Cơ quan thanh tra Cục Bổ trợ Tư pháp, Kho bạc Nhà nước, Cục Dự trữ Nhà nước, Cục Thống kê sẽ kết thúc hoạt động; không thành lập cơ quan thanh tra Cục Giáo dục nghề nghiệp và Giáo dục thường xuyên. Các cục này thực hiện chức năng kiểm tra chuyên ngành.

Thanh tra Chính phủ đã yêu cầu các bộ hoàn thành thủ tục điều chuyển, hồ sơ công chức và chốt bảo hiểm xã hội trước ngày 15/5. Việc sắp xếp tổ chức, nhân sự và cơ sở vật chất hoàn thành trước ngày 30/5.

Sau khi tiếp nhận công chức, thanh tra viên từ các bộ chuyển về, cơ cấu tổ chức mới của Thanh tra Chính phủ dự kiến sẽ bao gồm 22 đơn vị chuyên môn và nghiệp vụ.