Căn cứ điểm a và điểm e, khoản 1, Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 11 (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính) quy định về kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) vãng lai như sau:

Trường hợp người nộp thuế (NNT) có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh mà giá trị công trình xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh bao gồm cả thuế GTGT từ 1 tỷ đồng trở lên và chuyển nhượng bất động sản (BĐS) ngoại tỉnh không thuộc trường hợp quy định tại điểm c khoản 1 Điều này, mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi NNT có trụ sở chính thì NNT phải nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quản lý tại địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai và chuyển nhượng BĐS ngoại tỉnh.

Bên cạnh đó, Thông tư số 26/2015/TT-BTC sửa đổi khoản 6 Điều 11 như sau: Khai thuế GTGT đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai và chuyển nhượng BĐS ngoại tỉnh không thuộc trường hợp hướng dẫn tại điểm c khoản 1 Điều này.

NNT kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng BĐS ngoại tỉnh khai thuế GTGT tạm tính theo tỷ lệ 2% đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế GTGT 10% hoặc theo tỷ lệ 1% đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế GTGT 5% trên doanh thu hàng hoá chưa có thuế GTGT với cơ quan thuế quản lý địa phương nơi có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng BĐS ngoại tỉnh.

Căn cứ Công văn số 9164/BTC-CST ngày 10/7/2017 của Bộ Tài chính hướng dẫn về việc kê khai nộp thuế GTGT vãng lai ngoại tỉnh như sau: Trường hợp Tổng công ty Thăng Long - CTCP là nhà thầu chính ký hợp đồng với chủ đầu tư, sau đó nhà thầu chính ký hợp đồng giao lại một phần giá trị công việc cho nhà thầu phụ; được quy định cụ thể trong hợp đồng và các phụ lục hợp đồng kèm theo; nhà thầu chính chỉ hưởng một tỷ lệ phần trăm chi phí quản lý nhất định tính trên giá trị công việc giao nhà thầu phụ thì doanh thu thực tế của nhà thầu chính để kê khai thuế GTGT tạm tính theo tỷ lệ 2% với cơ quan thuế địa phương; là phần giá trị công việc nhà thầu chính trực tiếp thực hiện và phần chi phí quản lý được hưởng tính trên giá trị công việc giao thầu lại theo thỏa thuận tại hợp đồng và các phụ lục hợp đồng ký giữa nhà thầu chính và nhà thầu phụ, các nhà thầu phụ kê khai nộp thuế GTGT tạm tính theo tỷ lệ 2% với cơ quan thuế địa phương nơi nhà thầu phụ thi công xây dựng trên phần giá trị khối lượng xây lắp mà từng nhà thầu phụ thực hiện.

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Ban Quản lý dự án Cải thiện môi trường nước Nam Bình Dương (Chủ đầu tư) ký hợp đồng trực tiếp với nhà thầu chính là Tổng Công ty Xây dựng Bạch Đằng-CTCP (trụ sở chính tại TP.Hải Phòng) để thi công gói thầu ICB04: Xây dựng mạng lưới thu gom nước thải sinh hoạt và các trạm bơm tại TP. Thủ Dầu Một, sau đó nhà thầu chính ký hợp đồng giao lại một phần công việc cho nhà thầu phụ là Công ty Đầu tư tư vấn xây dựng Thép Mới (trụ sở chính tại TP. Hồ Chí Minh) được quy định cụ thể trong hợp đồng và các phụ lục hợp đồng kèm theo.

Như vậy, việc kê khai nộp thuế GTGT vãng lai ngoại tỉnh được thực hiện như sau: Đối với nhà thầu chính: Thực hiện kê khai thuế GTGT vãng lai ngoại tỉnh với Cục Thuế tỉnh Bình Dương theo tỷ lệ 2% trên doanh thu thực tế (doanh thu chưa có thuế GTGT) của phần giá trị công việc nhà thầu chính trực tiếp thực hiện và phần chi phí quản lý được hưởng tính trên giá trị công việc giao thầu lại (nếu có) theo thỏa thuận tại hợp đồng được ký giữa nhà thầu chính và nhà thầu phụ; Đối với nhà thầu phụ: Thực hiện kê khai thuế GTGT vãng lai với Cục Thuế tỉnh Bình Dương theo tỷ lệ 2% trên doanh thu chưa có thuế GTGT mà nhà thầu phụ được nhà thầu chính thanh toán.