Cụ thể, về ưu đãi thuế (TNDN), tại Khoản 1, Điều 13 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính bổ sung Khoản 2b, Điều 23 Thông tư số 78/2014/TT-BTC có quy định về ưu đãi thuế TNDN như sau: DN thực hiện dự án đầu tư vào Khu công nghiệp (KCN) trong giai đoạn năm 2009 - 2013, tính đến kỳ tính thuế năm 2014 đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế (lĩnh vực ưu đãi hoặc địa bàn ưu đãi) theo quy định của Luật số 32/2013/QH13, Luật số 71/2014/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành thì được hưởng ưu đãi thuế theo quy định của Luật số 32/2013/QH13, Luật số 71/2014/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành cho thời gian còn lại kể từ kỳ tính thuế năm 2015.

Tại Điều 6 Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 sửa đổi, bổ sung Khoản 3, Điều 20 Thông tư số 78/2014/TT-BTC quy định về thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN đối vối dự án đầu tư mới như sau: Miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại Khoản 4 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính và thu nhập của DN từ thực hiện dự án đầu tư mới tại KCN (trừ KCN nằm trên địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội thuận lợi).

Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội thuận lợi quy định tại khoản này là các quận nội thành của đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc Trung ương và các đô thị loại I trực thuộc tỉnh, không bao gồm các quận của đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc Trung ương và các đô thị loại I trực thuộc tỉnh mới được thành lập từ huyện kể từ ngày 01/01/2009; trường hợp KCN nằm trên cả địa bàn thuận lợi và địa bàn không thuận lợi thì việc xác định ưu đãi thuế đối với KCN căn cứ vào vị trí thực tế của dự án đầu tư trên thực địa. Việc xác định đô thị loại đặc biệt, loại I quy định tại khoản này thực hiện theo quy định tại Nghị định 42/2009/NĐ-CP ngày 07/5/2009 của Chính phủ quy định về phân loại đô thị và văn bản sửa đổi Nghị định này (nếu có).

Tại Điều 22 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính có quy định về thủ tục thực hiện ưu đãi thuế TNDN như sau: DN tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ (-) vào thu nhập tính thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế.

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp Công ty được thành lập theo Giấy chứng nhận đầu tư lần đầu số 463043000319  ngày 21/05/2010 thay đổi lần thứ 5 ngày 27/03/2017 do Ban Quản lý KCN tỉnh Bình Dương cấp, địa điểm thực hiện dự án: Số 18 Vsip II, đường Dân Chủ, KCN Việt Nam Singapore, phường Hòa Phú, TP. Thủ Dầu Một, Thị xã Thủ Dầu Một, tỉnh Bình Dương, ngành nghề: Sản xuất, gia công và bảo dưỡng các loại máy ép phun định hình nhựa. 

Nếu Công ty triển khai thực hiện dự án theo đúng mục tiêu, đúng tiến độ đầu tư, đi vào hoạt động năm 2011 và phát sinh thu nhập chịu thuế năm 2012 thì tính đến kỳ tính thuế năm 2014 Công ty đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế (địa bàn ưu đãi) theo quy định của Luật số 32/2013/QH13, Luật số 71/2014/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành cho thời gian còn lại kể từ kỳ tính thuế năm 2015 (miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư được cấp Giấy chứng nhận đầu tư lần đầu trừ các khoản thu nhập a, b, c nêu tại khoản 1, Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC). Công ty tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế, để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế.

Đối với hoàn bổ sung thuế GTGT, ngày 21/08/2017, Cục Thuế tỉnh Bình Dương đã có Công văn số 14620/CT-TT&HT trả lời cho Công ty, đề nghị Công ty thực hiện theo hướng dẫn nêu trên.