Tổng cục Thuế trả lời như sau: Tại Khoản 3 Điều 7 Luật thuế TNDN số 14/2008/QH12 có quy định như sau: Thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản phải xác định riêng để kê khai nộp thuế.

Thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản phải xác định riêng để kê khai nộp thuế. Thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư (trừ dự án thăm dò, khai thác khoáng sản), thu nhập từ chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư (trừ chuyển nhượng quyền tham gia dự án thăm dò, khai thác khoáng sản), thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản nếu lỗ thì số lỗ này được bù trừ với lãi của hoạt động sản xuất, kinh doanh trong kỳ tính thuế.”

Tại Khoản 2 Điều 6 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính Phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật thuế TNDN (có hiệu lực thi hành từ ngày 15/2/2014 và áp dụng cho kỳ tính thuế từ năm 2014 trở đi) quy định:

“Thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản phải xác định riêng để kê khai nộp thuế. Trường hợp chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng dự án đầu tư (trừ dự án thăm dò, khai thác khoáng sản), chuyển nhượng bất động sản nếu bị lỗ thì số lỗ này được bù trừ với lãi của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ tính thuế. Trường hợp doanh nghiệp làm thủ tục giải thể có bán bất động sản là tài sản cố định thì thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản (nếu có) được bù trừ với thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp”.

Liên quan đến trường hợp của Công ty TNHH MTV Bình Thủy Trí An, Tổng cục Thuế đã có Công văn số 4166/TCT-CS ngày 8/10/2015 gửi Cục Thuế TP Hồ Chí Minh.

Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực. Trong trường hợp văn bản có hiệu lực trở về trước thì áp dụng theo quy định đó”. 

Căn cứ các quy định nêu trên, đề nghị Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh căn cứ quy định tại văn bản pháp luật về thuế TNDN tại từng thời kỳ để hướng dẫn doanh nghiệp xác định nghĩa vụ thuế theo đúng quy định.