Thông tư số 80/2021/TT-BTC nêu rõ, theo quy định tại khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa, tiền chậm nộp nộp thừa, tiền phạt nộp thừa  được xử lý bù trừ hoặc hoàn trả như sau:

Bù trừ khoản nộp thừa với số tiền thuế còn nợ, tiền chậm nộp còn nợ, tiền phạt còn nợ hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phát sinh phải nộp của lần tiếp theo trong các trường hợp: Bù trừ với khoản nợ của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế và cùng địa bàn thu ngân sách với khoản nộp thừa; bù trừ với khoản thu phát sinh của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế và cùng địa bàn thu ngân sách với khoản nộp thừa. Các tổ chức trả thu nhập có số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa thì thực hiện bù trừ theo quy định trên.

Số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi quyết toán được xác định bằng số thuế nộp thừa của cá nhân uỷ quyền quyết toán trừ số thuế còn phải nộp của cá nhân uỷ quyền quyết toán; tổ chức trả thu nhập có trách nhiệm trả cho cá nhân uỷ quyền quyết toán số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi tổ chức chi trả quyết toán thuế thu nhập cá nhân.

Ngoài ra, khoản nộp thừa được bù trừ với khoản nợ hoặc khoản thu phát sinh có cùng nội dung kinh tế và cùng địa bàn thu ngân sách của người nộp thuế khác khi người nộp thuế không còn khoản nợ.

Trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa bằng ngoại tệ thuộc trường hợp khai thuế, nộp thuế bằng ngoại tệ quy định tại Điều 4 Thông tư này khi thực hiện bù trừ phải quy đổi sang đồng Việt nam theo tỷ giá bán ra đầu ngày của Ngân hàng thương mại cổ phần Ngoại thương Việt Nam tại thời điểm xác định số thuế nộp thừa để bù trừ.

Đối với trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa bằng ngoại tệ thuộc trường hợp khai thuế, nộp thuế bằng ngoại tệ quy định tại Điều 4 Thông tư này khi thực hiện bù trừ phải quy đổi sang đồng Việt nam theo tỷ giá bán ra đầu ngày của Ngân hàng thương mại cổ phần Ngoại thương Việt Nam tại thời điểm xác định số thuế nộp thừa để bù trừ.

Đối với người nộp thuế có khoản nộp thừa sau khi thực hiện bù trừ mà vẫn còn khoản nộp thừa hoặc không có khoản nợ thì người nộp thuế được gửi hồ sơ đề nghị hoàn trả hoặc hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Điều 42 Thông tư này. Người nộp thuế được hoàn trả khoản nộp thừa khi người nộp thuế không còn khoản nợ.

Về thủ tục bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, người nộp thuế có khoản nộp thừa bù trừ với khoản nợ, khoản thu phát sinh  thì không phải gửi hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa đến cơ quan thuế.

Cơ quan thuế thực hiện tự động bù trừ trên hệ thống quản lý thuế theo quy định về kế toán nghiệp vụ thuế và cung cấp thông tin cho người nộp thuế theo quy định tại Điều 69 Thông tư này.

Người nộp thuế có khoản nộp thừa bù trừ với khoản nợ, khoản thu phát sinh trong trường hợp khoản nộp thừa được bù trừ với khoản nợ hoặc khoản thu phát sinh có cùng nội dung kinh tế và cùng địa bàn thu ngân sách của người nộp thuế khác khi người nộp thuế không còn khoản nợ thì gửi hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa.

Hồ sơ bao gồm: Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/DNXLNT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này và các tài liệu liên quan (nếu có) đến cơ quan thuế có thẩm quyền xử lý khoản nộp thừa quy định tại khoản 3 Điều này.

Cơ quan thuế thực hiện tiếp nhận, giải quyết hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của người nộp thuế. Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của người nộp thuế, cơ quan thuế đối chiếu khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế.

Trong đó, với trường hợp khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện bù trừ khoản nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo đề nghị của người nộp thuế và thông báo cho người nộp thuế có khoản nộp thừa đề nghị bù trừ và người nộp thuế có khoản nợ, khoản thu phát sinh được bù trừ biết theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

Trường hợp khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế không thuộc trường hợp bù trừ khoản nộp thừa theo quy định tại khoản 1 Điều này thì cơ quan thuế ban hành Thông báo theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này nêu rõ lý do không thực hiện bù trừ khoản nộp thừa gửi cho người nộp thuế.

Trường hợp đề nghị của người nộp thuế không khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế, cơ quan thuế ban hành Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP gửi cho người nộp thuế để giải trình, bổ sung thông tin. Thời gian giải trình, bổ sung thông tin của người nộp thuế không tính vào thời gian giải quyết hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của cơ quan thuế.

Sau khi nhận được thông tin giải trình, bổ sung của người nộp thuế, trường hợp khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế thì thực hiện bù trừ theo quy định. Đối với trường hợp này, người nộp thuế tự tính, tự khai và tự nộp thuế theo số thuế đã kê khai, thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế nộp tiền trước khi nộp hồ sơ khai thuế thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế, nếu có hồ sơ khai bổ sung thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày người nộp thuế nộp hồ sơ khai bổ sung.

Quá thời hạn giải trình, bổ sung theo thông báo của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung hoặc người nộp thuế có giải trình, bổ sung nhưng khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế không khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế thì cơ quan thuế ban hành Thông báo theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này nêu rõ lý do không thực hiện bù trừ khoản nộp thừa gửi cho người nộp thuế.