Hiện tại, Cổng Thông tin một cửa quốc gia chưa có chức năng cho phép cán bộ hải quan quản lý, trừ lùi đối với giấy phép chuyên ngành được các bộ, ngành cấp để sử dụng cho nhiều lần xuất khẩu, nhập khẩu (XK, NK) hàng hóa.

Trong thời gian chờ hoàn thiện hệ thống, với trường hợp người khai hải quan đăng ký tờ khai có sử dụng giấy phép cho nhiều lần XK, NK hàng hóa được cấp bằng phương thức điện tử thông qua Cơ chế một cửa quốc gia (NSW), các đơn vị thực hiện theo hai trường hợp như sau.

Trường hợp thứ nhất, Giấy phép được cấp bằng phương thức điện tử thông qua NSW có bản giấy (bản chính), Chi cục Hải quan nơi tiếp nhận tờ khai lần đầu yêu cầu doanh nghiệp (DN) xuất trình giấy phép bản giấy (bản chính) kiểm tra đối chiếu với giấy phép trên hệ thống một cửa quốc gia, lập phiếu theo dõi trừ lùi theo quy định tại khoản 2 Điều 28 Thông tư 38/2015/TT-BTC. Đồng thời có báo cáo gửi về Cục Giám sát quản lý hải quan để biết, theo dõi, quản lý.

Đối với các lần XK, NK sau, Chi cục Hải quan tiếp nhận tờ khai yêu cầu DN xuất trình phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp trước đó để thực hiện theo dõi, trừ lùi hàng hóa theo đúng quy định.

Trường hợp thứ hai, Giấy phép được cấp bằng phương thức điện tử thông qua NSW không có bản giấy (bản chính), yêu cầu Cục Hải quan tỉnh, thành phố hướng dẫn DN có công văn gửi Cục Giám sát quản lý - Tổng cục Hải quan (trong đó cung cấp cụ thể thông tin giấy phép) để Cục Giám sát quản lý có văn bản xác nhận gửi DN để làm thủ tục cấp phiếu theo dõi trừ lùi theo quy định.

Tổng cục Hải quan cũng giao Cục Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan nhanh chóng nghiên cứu, bổ sung chức năng trừ lùi với các giấy phép chuyên ngành được các bộ, ngành cấp để sử dụng nhiều lần XK, NK hàng hóa trên Cổng thông tin NSW.