Nhưng với nước ta, để hình thành các ĐKKT cần sự đột phá trong cải cách thể chế kinh tế để tạo ra những khu vực tự do thương mại, phát triển năng động, tạo sức hút đầu tư nước ngoài.

Dự thảo Luật về ĐKKT đang được Bộ kế hoạch - Đầu tư (KH-ĐT) gấp rút hoàn thiện để trình Quốc hội. Song hành với quá trình này Bộ Nội vụ cũng đang hoàn tất đề án về thành lập 3 ĐKKT Phú Quốc (Kiên Giang), Bắc Vân Phong (Khánh Hòa) và Vân Đồn (Quảng Ninh). 3 ĐKKT này được kỳ vọng là động lực thúc đẩy kinh tế 3 miền, nhưng đến nay cuộc tranh luận về danh nghĩa, chức phận, địa vị và cách thức tổ chức, vận hành các ĐKKT vẫn còn nhiều ý kiến khác nhau.

Nhưng  có đầy đủ hay không đầy đủ, theo mô hình nào lại ở Khoản 2 quy định cấp chính quyền có đầy đủ HĐND và UBND nhưng không bắt buộc chỗ nào cũng phải có. Trong đó, mô hình tổ chức chính quyền ở ĐKKT cần đột phá, có thể quy định trưởng ĐKKT như tổng giám đốc tập đoàn, chịu sự giám sát như HĐQT của công ty. Theo đó có thể thí điểm thuê trưởng các ĐKKT là những nhà quản lý nước ngoài có kinh nghiệm phát triển các đặc khu, làm 1 năm không được thay luôn. Còn để cơ chế dân bầu sẽ dẫn đến tình trạng người làm được không được bầu, người được bầu không làm được. Luật về ĐKKT thiết kế cho các ĐKKT vận hành cho hàng chục năm trong tương lai, nên cần dựa trên nền tảng công khai minh bạch để người dân giám sát. Về góc độ kinh tế ngân sách của đặc khu cũng phải độc lập với ngân sách địa phương mới chủ động để phát triển.

Việc xây dựng cơ chế hoạt động các ĐKKT một mặt đảm bảo phù hợp Hiến pháp, mặt khác theo chỉ đạo Bộ Chính trị. Vị trí quan trọng nhất của các ĐKKT là trưởng đặc khu. Trong dự thảo luật đưa ra quy định trưởng đặc khu phải chịu trách nhiệm trước địa phương, cụ thể là HĐND, UBND tỉnh, trong khi vị trí trưởng đặc khu không do HĐND bầu ra, do Thủ tướng bổ nhiệm. Điều này cần sửa đổi vì quy định như vậy rất khó thực hiện. Theo đó, mô hình chính quyền ĐKKT nên gồm cả 2 cơ quan HĐND và UBND trực thuộc ĐKKT, là hoàn toàn phù hợp với Hiến pháp. 

Tuy nhiên, quan trọng nhất là hình thức chính quyền nào bảo đảm cho ĐKKT phát triển theo nghĩa tiếp nhận 1 hình mẫu thể chế đơn giản hơn. Có nghĩa chính quyền đặc khu, trưởng ĐKKT phải được trao quyền. Thí dụ, để ĐKKT Thâm Quyến phát triển được như hôm nay từ nền tảng không có gì, cách tiếp cận của chính quyền Trung Quốc là cải cách thể chế và các luật lệ, quyền lực của chính quyền Thâm Quyến ít nhất phải tương đương với Hồng Công. Theo đó, cấu trúc chính quyền Thâm Quyến điều hành phải giống như Hồng Công, dù có những ràng buộc như vẫn có Đảng, có chính quyền. Trong khi đó, ở Việt Nam vấn đề phát triển ĐKKT đã đề ra 15 năm nay vẫn không phát triển được.

Vì thế, cần đặt vấn đề các ĐKKT phải khác các KKT đã phát triển thời gian qua, như vậy mới là đặc biệt. Còn nếu chỉ chỉnh sửa, “cơi nới” thêm sẽ không có ý nghĩa. Hiện nền kinh tế nước ta đang dịch chuyển dần sang nền kinh tế thị trường, nghĩa là các ĐKKT phải vận hành ngay lập tức nền kinh tế thị trường hiện đại mới đột phá được. Bên cạnh đó, các ĐKKT phải tạo khác biệt với phần chuyển đổi của nền kinh tế. Bởi làm ĐKKT không để so với trong nước mà để cạnh tranh quốc tế, thu hút những nguồn lực tốt nhất của thế giới vào phát triển ĐKKT. Thí dụ, Thâm Quyến trực thuộc tỉnh Quảng Châu, nhưng đứng đằng sau là chính quyền trung ương cho Thâm Quyến những cơ chế vượt trội tỉnh Quảng Châu muốn can thiệp cũng không được. Việt Nam muốn phát triển các ĐKKT cũng phải làm vậy.