Theo đó, Tổng cục Thuế đã hướng dẫn cụ thể với hai nội dung về giá đất được trừ để tính thuế GTGT và xác định giá trị đất khi tính thuế TNDN đối với chuyển nhượng bất động sản, cụ thể:

Thứ nhất, đối với giá đất được trừ để tính thuế GTGT:

Căn cứ quy định tại Khoản 6 Điều 5, điểm h Khoản 1 Điều 7 Luật thuế GTGT hợp nhất; Căn cứ quy định tại Khoản 3 Điều 4 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 được sửa đổi, bổ sung theo quy định tại Khoản 3 Điều 3 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/02/2015 của Chính phủ có hiệu lực từ ngày 01/01/2015; Căn cứ hướng dẫn tại điểm a.4 Khoản 10 Điều 7 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến đề xuất của Cục thuế TP. Hồ Chí Minh là:

Trường hợp Công ty cổ phần Du lịch Hòa Bình Việt Nam chuyển nhượng bất động sản (là công trình trên đất và quyền sử dụng đất tại địa chỉ 110A Ngọc Hà, Ba Đình, Hà Nội) thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất bao gồm cả cơ sở hạ tầng (nếu có).

Trường hợp không xác định được giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất do UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm ký hợp đồng chuyển nhượng.

Thứ hai, đối với việc xác định giá trị đất khi tính thuế TNDN đối với chuyển nhượng bất động sản:

Tại Khoản 1, Điều 2, Thông tư số 40/2010/TT-BTC ngày 23/03/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn xác định thu nhập chịu thuế đối với khoản chênh lệch do đánh giá lại tài sản có hướng dẫn:

Điều 2. Căn cứ tính thuế: Doanh nghiệp 100% vốn Nhà nước thực hiện đánh giá lại tài sản cố định (TSCĐ) theo quy định để chuyển đổi thành Công ty cổ phần thì giá trị TSCĐ được ghi nhận để trích khấu hao theo giá trị đánh giá lại và phần chênh lệch giữa giá trị TSCĐ đánh giá lại và giá trị còn lại của TSCĐ ghi trên sổ kế toán được ghi tăng phần vốn của Nhà nước tại doanh nghiệp.

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, Tổng cục Thuế thống nhất với đề xuất của Cục thuế TP. Hồ Chí Minh: Tại thời điểm cổ phần hóa, Công ty đã đánh giá lại quyền sử dụng đất và tài sản trên đất, phần giá trị tăng thêm đã được nộp về đơn vị chủ quản (hoặc đã ghi tăng phần vốn của nhà nước tại doanh nghiệp) thì giá vốn của bất động sản là giá trị đã được đánh giá lại khi cổ phần hóa.

Như vậy, với căn cứ pháp lý và các nội dung vướng mắc phát sinh tại Công ty cổ phần Du lịch Hòa Bình Việt Nam, Tổng cục Thuế đã có giải đáp cụ thể để Cục thuế TP. Hồ Chí Minh áp dụng thực hiện.