Trước đó, Tổng cục Hải quan nhận được Công văn số 12122019/HL ngày 12/12/2019 của Công ty TNHH Công nghệ Ắc Quy Heng Li (Việt Nam) và Công văn số 20191005/LTS ngày 11/12/2019 của Công ty TNHH LIAN-TA-HSING (Việt Nam) về xử lý thuế đối với hàng hóa của doanh nghiệp chế xuất khi chuyển đổi thành doanh nghiệp không hưởng chính sách doanh nghiệp chế xuất.

Trả lời những vấn đề mà các Công ty này băn khoăn, Tổng cục Hải quan đã có Công văn số 1924/TCHQ-TXNK để giải đáp những vấn đề liên quan. Cụ thể, Tổng cục Hải quan, cho biết, căn cứ Điều 2 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 ngày 6/4/2016; Điều 2 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 thì hàng hóa xuất khẩu từ thị trường trong nước vào khu phi thuế quan, hàng hóa nhập khẩu từ khu phi thuế quan vào thị trường trong nước thuộc đối tượng chịu thuế.

Trong khi đó, hàng hóa xuất khẩu từ khu phi thuế quan ra nước ngoài; hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan và chỉ sử dụng trong khu phi thuế quan; hàng hóa chuyển từ khu phi thuế quan này sang khu phi thuế quan khác không thuộc đối tượng chịu thuế.

Căn cứ khoản 12 Điều 1 Nghị định số 59/2018/NĐ-CP ngày 20/4/2018 sửa đổi, bổ sung khoản 5 Điều 25 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21/1/2015 của Chính phủ thì đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng, thuế bảo vệ môi trường hoặc miễn thuế hoặc áp dụng thuế suất, mức thuế tuyệt đối theo hạn ngạch thuế quan và đã được giải phóng hàng hoặc thông quan nhưng sau đó có thay đổi về đối tượng không chịu thuế hoặc mục đích được miễn thuế; áp dụng thuế suất, mức thuế tuyệt đối theo hạn ngạch thuế quan; hàng hóa là nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu và hàng hóa tạm nhập - tái xuất đã giải phóng hàng hoặc thông quan nhưng sau đó thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa thì phải khai tờ khai hải quan mới.

Chính sách quản lý hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; chính sách thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan mới trừ trường hợp đã thực hiện đầy đủ chính sách quản lý hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại thời điểm đăng ký tờ khai ban đầu.

Ngoài ra, căn cứ khoản 54 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 sửa đổi, bổ sung Điều 78 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính, trong trường hợp chuyển đổi loại hình từ doanh nghiệp chế xuất thành doanh nghiệp không hưởng chính sách doanh nghiệp chế xuất thì doanh nghiệp chế xuất thực hiện xác định tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu chưa nộp thuế còn tồn kho và đề xuất biện pháp xử lý như chuyển mục đích sử dụng, bán, biếu, tặng, tiêu hủy tại Việt Nam hoặc xuất khẩu ra nước ngoài với cơ quan hải quan.

Đồng thời, doanh nghiệp chế xuất có trách nhiệm thực hiện thủ tục hải quan tương ứng theo từng biện pháp xử lý số tài sản, hàng hóa này với cơ quan hải quan trước thời điểm được cơ quan có thẩm quyền cho phép chuyển đổi; Thời điểm xử lý và xác định tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu thực hiện trước khi doanh nghiệp được cơ quan có thẩm quyền cho phép chuyển đổi.

Theo quy định tại khoản 10 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 sửa đổi, bổ sung khoản 1, khoản 2 Điều 21 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính, thì hàng hóa thay đổi mục đích sử dụng hoặc chuyển tiêu thụ nội địa, người nộp thuế phải kê khai, nộp đủ tiền thuế, tiền phạt (nếu có) theo quy định.

Như vậy, trường hợp của Công ty TNHH Công nghệ Ắc Quy Heng Li (Việt Nam) và Công ty TNHH LIAN-TA-HSING (Việt Nam) đề nghị khi chuyển đổi từ doanh nghiệp chế xuất thành doanh nghiệp không hưởng chính sách doanh nghiệp chế xuất thì không phải làm thủ tục hải quan, không phải nộp thuế đối với hàng hóa là máy móc thiết bị mua từ nội địa đã làm thủ tục hải quan theo loại hình xuất nhập khẩu tại chỗ.