Mục tiêu ban hành quy chế kiểm tra, kiểm soát nội bộ nhằm mỗi cấp quản lý luôn nắm được bức tranh tổng quan chung và chi tiết về việc thực hiện các nhiệm vụ quản lý hải quan theo thời gian xử lý thủ tục hải quan thực tế phát sinh trong phạm vi, lĩnh vực được giao để kịp thời phát hiện các dấu hiệu thực hiện không đúng quy định pháp luật, quy trình thủ tục, các biểu hiện chệch hướng của doanh nghiệp và công chức thừa hành để kịp thời can thiệp trực tiếp để chấn chỉnh, nhận biết và xử lý ngay các nguy cơ hoặc hiện tượng khi mới có dấu hiệu. Thông qua đó, cơ quan Hải quan các cấp đảm bảo việc thực hiện thủ tục hải quan trong khuôn khổ của pháp luật và thực hiện tốt các nhiệm vụ quy định tại Luật Hải quan.

Quy chế kiểm tra, kiểm soát nội bộ áp dụng đối với tất cả công chức hải quan khi thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh; phương tiện vậ tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh và các hoạt động nghiệp vụ của cấp Chi cục Hải quan, cấp Cục Hải quan và cấp Tổng cục Hải quan.

Theo quy chế này, mục đích kiểm tra, kiểm soát nội bộ nhằm giám sát việc thực hiện pháp luật của công chức hải quan khi thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan để đảm bảo thực hiện đúng quy định của pháp luật về hải quan, pháp luật thuế xuất khẩu, nhập khẩu và các quy trình nghiệp vụ hướng dẫn thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan hiện hành. 

Kịp thời phát hiện các dấu hiệu vi phạm và các vi phạm liên quan đến quá trình thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan của công chức hải quan để có biện pháp xử lý và ngăn chặn kịp thời.

Phát hiện xu hướng, dấu hiệu bất thường trong hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh; quá trình thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan để có biện pháp ngăn chặn kịp thời các nguy cơ tiềm ẩn và tham mưu, đề xuất sửa đổi, bổ sung các chính sách pháp luật có liên quan.

Việc kiểm tra, kiểm soát nội bộ được thực hiện đồng thời tại 3 cấp: Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan và Chi cục Hải quan đáp ứng các yêu cầu sau:

Việc kiểm tra, kiểm soát nội bộ phải được thực hiện hàng ngày, đồng thời với quá trình thực hiện thủ tục hải quan thông qua việc theo dõi, giám sát và phân tích dữ liệu trên các Hệ thống công nghệ thông tin tập trung của ngành Hải quan, Hệ thống camera giám sát, định vị GPS, hình ảnh máy soi container, máy soi hành lý và thông tin từ đường dây nóng của cơ quan hải quan:

- Chi cục Hải quan chịu trách nhiệm kiểm tra, kiểm soát nội bộ toàn bộ hoạt động nghiệp vụ của đơn vị với toàn bộ việc thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan của các công chức thuộc Chi cục;

- Cục Hải quan chịu trách nhiệm kiểm tra, kiểm soát nội bộ toàn bộ hoạt động nghiệp vụ của các Chi cục Hải quan;

- Tổng cục Hải quan chịu trách nhiệm kiểm tra, kiểm soát nội bộ toàn bộ hoạt động nghiệp vụ của các Cục Hải quan tỉnh, thành phố trên toàn quốc. 

Việc kiểm tra, kiểm soát trên nhằm nhận biết các thay đổi bất thường trong việc thực hiện thủ tục hải quan tại đơn vị, qua đó xác định nguyên nhân và có biện pháp xử lý phù hợp đảm bảo phòng ngừa và ngăn chặn kịp thời các hành vi gian lận, buôn lậu thương mại; phát hiện các biểu hiện hoặc hành vi tiêu cực hoặc việc thực hiện chưa đúng quy trình, quy chế của công chức thừa hành để có biện pháp xử lý kịp thời.