Theo khoản 20 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn đối tượng không chịu thuế GTGT đối với hàng tạm nhập khẩu, tái xuất khẩu như sau: Hàng hóa chuyển khẩu, quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam; hàng tạm nhập khẩu, tái xuất khẩu; hàng tạm xuất khẩu, tái nhập khẩu; nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài.

Tại Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 165/2010/TT-BTC ngày 26/10/2010 của Bộ Tài chính quy định đối tượng áp dụng thủ tục hải quan đối với xuất khẩu, nhập khẩu, tạm nhập tái xuất, chuyển khẩu xăng dầu như sau: Thương nhân có Giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu có ngành nghề kinh doanh cung ứng xăng dầu hàng không, dịch vụ cung ứng tàu biển hoặc thông qua công ty cung ứng tàu biển là đại lý của mình được cung ứng xăng dầu (bán) cho các đối tượng sau đây: Tàu bay của các hãng hàng không nước ngoài đỗ dừng tại cảng hàng không Việt Nam, tàu bay của các hãng hàng không Việt Nam bay trên các tuyến bay quốc tế; Tàu biển quốc tịch nước ngoài neo đậu tại cảng biển, cảng sông quốc tế và tàu biển quốc tịch Việt Nam chạy tuyến quốc tế xuất cảnh.

Khoản 3 Điều 2 Thông tư số 139/2013/TT-BTC ngày 09/10/2013 của Bộ Tài chính (hiệu lực ngày 25/11/2013) hướng dẫn đối tượng áp dụng thủ tục hải quan đối với xăng dầu xuất khẩu, nhập khẩu, tạm nhập tái xuất, chuyển khẩu; nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất và pha chế xăng dầu; nguyên liệu nhập khẩu để gia công xuất khẩu xăng dầu.

Theo đó, thương nhân có Giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu, có ngành nghề kinh doanh cung ứng xăng dầu hàng không, dịch vụ cung ứng tàu biển thể hiện trong Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh được hoạt động kinh doanh tạm nhập tái xuất xăng dầu để cung ứng (tái xuất) xăng dầu hoặc thông qua công ty cung ứng tàu biển có chức năng cung ứng tàu biển là đại lý của mình để cung ứng (tái xuất) xăng dầu cho các đối tượng là: Tàu bay của các hãng hàng không nước ngoài đỗ, dừng tại cảng hàng không Việt Nam, tàu bay của các hãng hàng không Việt Nam bay trên các tuyến bay quốc tế xuất cảnh; Tàu biển quốc tịch nước ngoài neo đậu tại cảng biển, cảng sông quốc tế chạy tuyến quốc tế xuất cảnh và tàu biển quốc tịch Việt Nam chạy tuyến quốc tế xuất cảnh

Căn cứ công văn số 0221/PLX-XNK ngày 21/02/2012 của Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam về việc hướng dẫn triển khai bán xăng dầu tạm nhập tái xuất 2012.

Căn cứ hướng dẫn trên và công văn số 0221/PLX-XNK ngày 21/02/2012 của Tập đoàn xăng dầu Việt Nam thì Tập đoàn xăng dầu Việt Nam hoặc đơn vị được Tập đoàn xăng dầu Việt Nam ủy quyền là đơn vị thực hiện thủ tục hải quan (cung ứng xăng dầu) cho tàu biển Việt Nam chạy tuyến quốc tế xuất cảnh hoặc tàu nước ngoài neo đậu tại cảng biển, cảng sông quốc tế chạy tuyến quốc tế xuất cảnh (tàu biển xuất cảnh).

Các Công ty là đại lý của Tập đoàn xăng dầu Việt Nam hoặc đơn vị được Tập đoàn xăng dầu Việt Nam ủy quyền được phép cung ứng xăng dầu cho tàu biển xuất cảnh theo hợp đồng đại lý, các nghĩa vụ liên quan giữa các đại lý với Tập đoàn xăng dầu Việt Nam hoặc Công ty được Tập đoàn xăng dầu Việt Nam ủy quyền phải thực hiện theo đúng quy định của pháp luật.

Từ những nội dung vướng mắc của Cục Thuế TP. Đà Nẵng tại Công văn số 1354/CT-KTT1 ngày 17/04/2017, Công ty Cổ phần Cung ứng Tàu biển Đà Nẵng mua xăng dầu tạm nhập tái xuất từ Công ty Xăng dầu khu Vực V - TNHH Một thành viên, sau đó bán lại cho Công ty Cổ phần dịch vụ hàng hải và du lịch Sài Gòn để bán cho tàu biển xuất cảnh; Trên tờ khai hàng hóa xuất khẩu ghi tên người xuất khẩu là Tập đoàn xăng dầu Việt Nam, người nhập khẩu ghi tên Công ty Cổ phần Cung ứng Tàu biển Đà Nẵng (Đại lý) và tên/số hiệu tàu biển nước ngoài, người mở tờ khai là Công ty Xăng dầu khu vực V - TNHH Một thành viên.

Công ty Cổ phần dịch vụ hàng hải và du lịch Sài Gòn không có chức năng kinh doanh xuất nhập khẩu xăng dầu và không đứng tên trên tờ khai xuất khẩu bán xăng dầu cho tàu biển xuất cảnh. Vì vậy, quan hệ mua bán xăng dầu giữa Công ty Cổ phần Cung ứng Tàu biển Đà Nẵng và Công ty Cổ phần dịch vụ hàng hải và du lịch Sài Gòn là quan hệ mua bán hàng hóa trong nội địa nên doanh thu bán hàng áp dụng mức thuế suất thuế GTGT 10%.