Theo đó, Cục Thuế TP. Hà Nội đã thành lập Tổ chống hành vi vi phạm hóa đơn nhằm nghiên cứu các hành vi vi phạm và giải pháp quản lý hóa đơn; tổ chức tập huấn triển khai nội dung kiểm soát hóa đơn có dấu hiệu vi phạm đến cán bộ chủ chốt trong khối thanh tra, kiểm tra thuế; xây dựng nguyên tắc, quy trình xử lý hóa đơn nhằm thống nhất cách xử lý các trường hợp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp và quán triệt trong toàn hệ thống.

Cục Thuế tiếp tục đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra; ứng dụng “đối chiếu chéo hoá đơn”, thực hiện việc phân tích, sàng lọc, kiểm tra chéo dữ liệu doanh nghiệp; tăng cường công tác kiểm soát hóa đơn không có giá trị sử dụng thông qua công cụ hỗ trợ tra cứu hóa đơn các đơn vị bỏ địa chỉ kinh doanh.

Cùng với đó, Cục Thuế triển khai hóa đơn điện tử, chống hành vi vi phạm hóa đơn.

Ngày 18/10/2016, Cục Thuế TP. Hà Nội đã thành lập Ban chỉ đạo và triển khai hoá đơn điện tử, chống các hành vi vi phạm hoá đơn (Quyết định số 65034/QĐ-CT). Theo đó, Cục trưởng Nguyễn Thế Mạnh trực tiếp làm trưởng Ban chỉ đạo.

Ban chỉ đạo chỉ đạo và thực hiện kế hoạch triển khai hoá đơn điện tử; kế hoạch tuyên truyền và nội dung các công việc có liên quan đến triển khai hoá đơn điện tử. Chi đạo các Phòng, Chi cục Thuế rà soát, nhận diện người nộp thuế có dấu hiệu in, phát hành, mua hoá đơn bất hợp pháp; tiếp tục thực hiện các biện pháp, giải pháp phòng, chống, ngăn ngừa và phát hiện, xử lý kịp thời, nghiêm các trường hợp vi phạm.

Bên cạnh đó, Cục Thuế TP. Hà Nội kiểm soát cung cấp thông tin và phối hợp chặt chẽ với cơ quan cảnh sát điều tra Công an TP. Hà Nội đấu tranh, khởi tố, xử lý các vụ vi phạm về phát hành, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp.

Cùng với các giải pháp trên, Cục Thuế TP. Hà Nội triển khai kiểm soát các doanh nghiệp phát hành hóa đơn đã có đơn vị kê khai khấu trừ đầu vào  nhưng đầu ra của kỳ tương ứng doanh nghiệp không kê khai, kê khai bằng không hoặc kê khai chênh lệch.

Trên cơ sở phân tích dữ liệu bảng kê đã thu thập trước tháng 1/2015, Cục Thuế đã thực hiện thông báo và kiểm soát các doanh nghiệp này thông qua chương trình thanh kiểm tra điện tử, thí điểm với 60 doanh nghiệp trong tháng 7/2016 và mở rộng từ tháng 9/2016 đối với trên 16.000 doanh nghiệp.

Ngoài ra, Cục Thuế xây dựng bộ tiêu chí nhận diện xác định các doanh nghiệp rủi ro. Trên cơ sở phân tích và tổng hợp, đơn vị đã xác định 3.739 doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm, rủi ro về hoá đơn, thông báo tới các Phòng, Chi cục thuế để kiểm soát.