Trên cơ sở  kế hoạch thanh tra, kiểm tra năm 2016 đã được phê duyệt, tập trung phân tích chuyên sâu để lựa chọn nội dung trọng tâm cần thanh tra, lựa chọn các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế, hoàn thuế, các doanh nghiệp nhiều năm chưa được thanh tra (từ 3-5 năm), về sử dụng hóa đơn, chứng từ bất hợp pháp, về ưu đãi thuế, chuyển nhượng vốn, thương hiệu, chuyển nhượng dự án,… để thực hiện thanh tra, kiểm tra ngay.

Tổng cục Thuế cũng yêu cầu các cục thuế phải tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế đảm bảo nguyên tắc kiểm tra theo rủi ro quy định tại điểm 4, điều 58, Thông tư 156/2013/TT-BTC, cũng như đảm bảo kiểm tra 100% hồ sơ hoàn thuế trước với các trường hợp lũy kế sau ít nhất 12 tháng hoặc sau ít nhất 4 quý phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết đã được hoàn.

Các cục thuế lựa chọn các doanh nghiệp có số hoàn thuế lớn hoặc có dấu hiệu rủi ro đã được kiểm tra trước khi hoàn thuế để thực hiện thanh tra toàn diện trong năm 2016.