Một trong những nội dung đáng chú ý tại Thông tư này là các quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước vào mục đích sản xuất, kinh doanh dịch vụ, cho thuê, liên doanh, liên kết tại đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính.

Theo Thông tư, việc sử dụng tài sản nhà nước vào mục đích sản xuất, kinh doanh dịch vụ, cho thuê, liên doanh, liên kết phải được cấp có thẩm quyền cho phép; không ảnh hưởng đến việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ Nhà nước giao; sử dụng đúng công năng của tài sản khi đầu tư xây dựng, mua sắm hoặc được giao phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của đơn vị; phát huy công suất và hiệu quả sử dụng tài sản nhà nước; tận dụng tài sản nhà nước trong thời gian nhàn rỗi.

Việc sử dụng tài sản vào các mục đích nói trên cũng phải được thực hiện theo cơ chế thị trường thông qua xác định giá cho thuê tài sản nhà nước phù hợp với giá cho thuê tài sản cùng loại trên thị trường; xác định giá trị tài sản khi liên doanh, liên kết phải phù hợp với giá trị thực tế của tài sản trên thị trường; được trích khấu hao.

Tiền thu được từ sản xuất, kinh doanh dịch vụ, cho thuê, liên doanh, liên kết tài sản nhà nước, đơn vị phải hạch toán riêng và sử dụng để thanh toán các chi phí có liên quan; nộp tiền thuê đất, thuế và nghĩa vụ tài chính khác đối với Nhà nước theo quy định của pháp luật; hoàn trả vốn huy động bao gồm cả lãi huy động vốn (trong trường hợp tài sản được đầu tư xây dựng, mua sắm từ nguồn vốn huy động), số tiền còn lại được quản lý, sử dụng theo quy định tại Luật Quản lý, sử dụng tài sản nhà nước và các văn bản hướng dẫn.

Thông tư này cũng quy định cụ thể các nội dung về thuê tài sản phục vụ hoạt động của đơn vị sự nghiệp công lập; xác định giá trị tài sản nhà nước để giao cho đơn vị sự nghiệp công lập quản lý theo cơ chế giao vốn cho doanh nghiệp; quản lý, sử dụng tài sản nhà nước tại đơn vị sự nghiệp công lập do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên.

Thông tư này có hiệu lực từ 1-4-2016; bãi bỏ Thông tư số 12/2012/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn tiêu chí xác định đơn vị sự nghiệp công lập đủ điều kiện được Nhà nước xác định giá trị tài sản để giao cho đơn vị quản lý theo cơ chế giao vốn cho doanh nghiệp; bãi bỏ Mục 8, Mục 9, các quy định về thuê tài sản phục vụ hoạt động của đơn vị sự nghiệp công lập tại Mục 3 Thông tư số 245/2009/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định thực hiện một số nội dung của Nghị định số 52/2009/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật Quản lý, sử dụng tài sản nhà nước.