Cục Thuế Hà Nội cũng là đơn vị được Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế lựa chọn triển khai thí điểm nhiều chương trình, đề án cải cách, hiện đại hóa như: Thí điểm đề án hóa đơn điện tử có xác thực; chương trình hoàn thuế điện tử; vận hành ứng dụng khai thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân điện tử đối với hoạt động cho thuê nhà của cá nhân…

Hiện nay trên 98% doanh nghiệp đang hoạt động thực hiện kê khai thuế qua mạng và trên 95% số tiền thuế được thực hiện nộp theo phương thức điện tử, vượt chỉ tiêu theo Nghị quyết 19 của Chính phủ, đã góp phần giảm thời gian, chi phí cho người nộp thuế và cơ quan thuế.

Cục Thuế Hà Nội đã thực hiện đăng ký, cấp mã số doanh nghiệp tự động cấp độ 4, việc đăng ký kinh doanh, thành lập doanh nghiệp và cấp mã số doanh nghiệp tự động được thực hiện trong thời gian không quá 30 phút, so với quy định là 4 tiếng đồng hồ.

Riêng việc thí điểm khai và nộp lệ phí trước bạ ô tô, xe máy điện tử, đơn vị đã chủ động phối hợp với cơ quan công an, kho bạc nhà nước xây dựng, nâng cấp ứng dụng và triển khai tại 2 Chi cục Thuế quận Ba Đình và quận Hai Bà Trưng, thời gian tới sẽ thực hiện đồng bộ trên toàn thành phố.

Bên cạnh đó, Cục Thuế Hà Nội tiếp tục phối hợp với các sở, ngành liên quan trong việc quy định về hồ sơ và trình tự, thủ tục tiếp nhận, luân chuyển hồ sơ xác định nghĩa vụ tài chính về đất đai trên địa bàn, qua đó đã rút ngắn thời gian giải quyết hồ sơ từ 5 ngày xuống 3 ngày; nâng cao tính công khai, minh bạch, rõ người, rõ việc để người dân, doanh nghiệp nắm được thời gian giải quyết hồ sơ ở từng bộ phận, từng cơ quan, tạo được sự đồng thuận của người dân và xã hội.

Đến nay Cục Thuế Hà Nội đã hoàn thành việc triển khai hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001-2008 tại Văn phòng Cục và 30 Chi cục Thuế quận, huyện, thị xã, trước tiến độ của thành phố Hà Nội đặt ra (năm 2018) và là đơn vị đầu tiên của thành phố Hà Nội triển khai tiêu chuẩn ISO 9001-2008 trong toàn bộ hệ thống.