Cụ thể, DN có thể thực hiện theo Điều 79 hoặc Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC. Trường hợp DN thực hiện theo Điều 79 thì khi bán vào nội địa DN chế xuất liên hệ với cơ quan thuế nội địa để được cấp một hóa đơn lẻ GTGT. Hóa đơn GTGT lẻ để xuất bán máy móc, thiết bị, phương tiện vận chuyển được xác định bằng (=) số thuế GTGT ghi trên hóa đơn bán lẻ thanh lý máy móc trừ đi (-) số thuế GTGT nộp ở khâu NK khi được chuyển đổi mục đích sử dụng.

Trường hợp thực hiện theo Điều 86, DN phải có văn bản nêu rõ lý do thanh lý, hình thức thanh lý, biện pháp thanh lý, lượng hàng cần thanh lý gửi chi cục Hải quan quản lý DN chế xuất và đăng ký tờ khai theo loại hình tương ứng, DN nội địa sẽ làm thủ tục NK, nộp các loại thuế theo quy định.

Tại thời điểm bán, thanh lý vào thị trường nội địa không áp dụng chính sách quản lý hàng hóa XK, NK trừ trường hợp hàng hóa thuộc diện quản lý theo điều kiện, tiêu chuẩn, kiểm tra chuyên ngành chưa thực hiện khi NK; hàng hóa quản lý bằng giấy phép thì phải được cơ quan cấp phép NK đồng ý bằng văn bản.