Phạm vi áp dụng quản lý rủi ro trong công tác hoàn thuế GTGT được thực hiện theo Quyết định số 1388/QĐ-TCT do Tổng cục Thuế ban hành ngày 18/9/2023.

Phương pháp phân tích đánh giá mức độ rủi ro của từng tiêu chí được tính toán chủ yếu theo các hàm xác xuất thống kê, ứng dụng tự động tính toán đưa ra mức điểm từ 1 điểm đến 10 điểm.

Tổng cục Thuế cho biết, phương pháp phân ngưỡng rủi ro cao đối với từng hồ sơ đề nghị hoàn dựa trên tổng điểm rủi ro và lựa chọn theo một trong hai phương pháp sau:

- Phương pháp số tuyệt đối: Số hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT rủi ro cao được xác định theo tổng điểm rủi ro (ứng dụng có thể cho phép phân ngưỡng theo nhóm cơ quan thuế hoặc theo từng cục thuế).

- Phương pháp số tương đối: Số lượng hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT có dấu hiệu rủi ro cao xác định theo tỷ lệ % tỉnh trên số lượng hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT trong vòng 12 tháng (hoặc 24 tháng) của cơ quan thuế.

Bộ chỉ số tiêu chí phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT và lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế được chia làm 3 nhóm: Nhóm I - Nhóm chỉ số tiêu chí  phân loại hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT thuộc diện kiểm trước hoàn sau; Nhóm II - Nhóm chỉ số tiêu chí  phân loại hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT theo phương pháp chấm điểm rủi ro; Nhóm III - Nhóm chỉ số tiêu chí theo yêu cầu quản lý của cơ quan thuế.

Về việc phân cấp trong việc sử dụng Bộ chỉ số tiêu chí, Tổng cục Thuế sử dụng chỉ số tiêu chí Nhóm II và có thể lựa chọn thêm chỉ số tiêu chí Nhóm III (nếu cần) để thực hiện phân tích, đánh giá rủi ro, phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT và lựa chọn doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro để xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế GTGT. Bộ chỉ số tiêu chí do Tổng cục Thuế sử dụng được áp dụng toàn quốc.

Tổng cục Thuế hướng dẫn, cục thuế có thể lựa chọn, xây dựng thêm Bộ chỉ số tiêu chỉ. Trên cơ sở các chỉ số tiêu chí Nhóm II và Nhóm III ban hành theo Quyết định số 1388/QĐ-TCT để thực hiện phân tích, đánh giá rủi ro, phân loại hồ sơ hoàn thuế áp dụng tại địa phương cho phù hợp với đặc điểm doanh nghiệp và phù hợp với công tác quản lý.

Trường hợp cục thuế lựa chọn xây dựng thêm Bộ chỉ số tiêu chí mới thì có văn bản báo cáo gửi Tổng cục Thuế (qua Ban Quản lý rủi ro) để xem xét, quyết định thực hiện. Ứng dụng quản lý rủi ro phân hệ hoàn thuế hỗ trợ Tổng cục Thuế, cục thuế được thử nghiệm xây dựng Bộ chỉ số tiêu chí.

Đối với chỉ số tiêu chỉ nhóm III, Tổng cục Thuế sẽ xây dựng ứng dụng và bắt đầu triển khai từ ngày 1/1/2024.

Đối với việc xử lý kết quả phân loại hồ sơ hoàn, Tổng cục Thuế quy định cụ thể về việc tiếp nhận thông tin từ ứng dụng TMS (phân hệ hoàn thuế) sang ứng dụng quản lý rủi ro (phân hệ hoàn thuế).

Cụ thể, trường hợp hồ sơ hoàn thuế có kết quả phân loại không thuộc diện kiểm trước theo quy định tại các điểm a, b, c, d, e, khoản 1 Điều 33 Thông tư số 80/2021/TT-BTC, ứng dụng TMS (phân hệ hoàn thuế) tự động chuyển thông tin ngay sang ứng dụng quản lý rủi ro phân hệ hoàn thuế để tiếp tục thực hiện đánh giá rủi ro và phân loại hồ sơ hoàn thuế.

Trường hợp sau khi ứng dụng quản lý rủi ro phân loại hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau những trong quá trình giải quyết theo quy định tại Quy trình hoàn thuế ban hành tại Quyết định số 679/QĐ-TCT, Thông tư số 80/2021/TT-BTC mà cơ quan thuế chuyển hồ sơ sang diện kiểm trước thì ứng dụng TMS phải cập nhật trạng thái, lý do chuyển kiểm trước và cập nhật sang ứng dụng quản lý rủi ro phân hệ hoàn thuế để theo dõi loại trừ kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế.

Trường hợp ứng dụng quản lý rủi ro phân hệ hoàn thuế gặp sự cố, không trả kết quả sau thời gian nêu trên thì bộ phận quản lý rủi ro lập phiếu đề xuất phương án giải quyết theo Mẫu số 08-QLHT/QĐ-QLRR ban hành tại theo Quyết định số 1388/QĐ-TCT chuyển Lãnh đạo cơ quan thuế phê duyệt phương án phân tích, đánh giá rủi ro thủ công đối với hồ sơ hoàn thuế theo “Trường hợp chưa áp dụng ứng dụng phân tích dữ liệu và quản lý rủi ro để phân loại hồ sơ hoàn thuế” quy định tại khoản 2 Điều 7 Quy trình hoàn thuế ban hành tại Quyết định số 679/QĐ-TCT của Tổng cục Thuế.