Quyết định số 438/QĐ-TCT đã quy định cụ thể về các trường hợp cần xác minh tình trạng hoạt động của NNT tại địa chỉ đã đăng ký gồm:  Quá thời hạn NNT không nộp hồ sơ khai thuế; NNT không nhận văn bản của cơ quan thuế gửi qua bưu điện; Cơ quan thuế nhận được thông tin bằng văn bản do các tổ chức, cá nhân cung cấp về việc NNT không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký; NNT là đơn vị chủ quản thuộc một trong các trường hợp đang tiến hành xác minh thực tế tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký; NNT đã làm thủ tục chuyển địa điểm tại cơ quan thuế nơi đi nhưng quá thời hạn theo quy định không đến làm thủ tục tại cơ quan thuế nơi đến và trường hợp NNT không có thông tin phản hồi, không thực hiện các văn bản của cơ quan thuế.

Về trường hợp được khôi phục MST: NNT ở tình trạng cơ quan thuế đã ban hành Thông báo NNT không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký nhưng cơ quan đăng ký kinh doanh chưa ban hành Quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, Giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh; cơ quan quản lý nhà nước khác chưa ban hành văn bản thu hồi Giấy phép thành lập và hoạt động hoặc Giấy phép tương đương, NNT có văn bản đề nghị cơ quan thuế khôi phục MST và cam kết thanh toán các nghĩa vụ thuế với NSNN, chấp hành việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì được xem xét khôi phục MST.

Về thủ tục khôi phục MST: các bộ phận liên quan của cơ quan thuế thực hiện các công việc với thời hạn cụ thể như sau: khi nhận được văn bản của NNT do Bộ phận hành chính văn thư chuyển đến: thực hiện đăng ký văn bản ”đến”, trong thời hạn 03 ngày làm việc: xác định tình hình sử dụng hoá đơn, xử phạt hành vi vi phạm về hóa đơn (nếu có) của NNT; Trong thời hạn 03 ngày làm việc: xác định số tiền thuế còn nợ, số tiền phạt, tiền chậm nộp.

Quyết định nêu rõ, trong thời hạn 05 ngày làm việc: thực hiện xác minh thực tế tại địa chỉ trụ sở kinh doanh của NNT và lập Biên bản xác minh tình trạng hoạt động của NNT tại địa chỉ đã đăng ký theo hồ sơ đề nghị khôi phục mã số thuế của NNT (NNT phải ký xác nhận vào Biên bản).

Theo đó, trong thời hạn 03 ngày làm việc: lập danh sách các hồ sơ khai thuế còn thiếu, tình hình sử dụng hoá đơn, số tiền thuế còn nợ, số tiền phạt, tiền chậm nộp (nếu có), gửi thông báo cho NNT biết và thực hiện xử phạt đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế. Cơ quan thuế làm thủ tục khôi phục MST và thông báo cho NNT trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày NNT chấp hành đầy đủ các hình thức xử phạt hành vi vi phạm hành chính về thuế và hóa đơn.