Đối với tờ khai xuất khẩu tại chỗ chưa có tờ khai nhập khẩu tại chỗ đối ứng đăng ký trước ngày 25/4/2021, Cục Hải quan các tỉnh, thành phố chỉ đạo các Chi cục Hải quan thực hiện các biện pháp nghiệp vụ để xác định rõ trách nhiệm, nghĩa vụ của người xuất khẩu, người nhập khẩu tại chỗ trong mối quan hệ giao dịch hàng hóa. Đồng thời, xác định việc giao nhận và việc sử dụng hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ của người xuất khẩu, người nhập khẩu tại chỗ và xử lý.

Trường hợp người nhập khẩu chưa thực hiện thủ tục hải quan nhập khẩu tại chỗ, nhưng Chi cục Hải quan đã xác định giao dịch giữa các bên là có thật, đã hoàn thành việc giao nhận hàng hóa và hàng hóa chưa đưa vào sản xuất, tiêu dùng thì thực hiện theo quy định tại Nghị định số 102/2021/NĐ-CP, Nghị định số 128/2020/NĐ-CP của Chính phủ và Thông tư số 38/2015/TT-BTC và Bộ Tài chính.

Theo đó, Chi cục Hải quan nhập khẩu tại chỗ hướng dẫn người nhập khẩu tại chỗ thực hiện thủ tục nhập khẩu hàng hóa và xem xét xử phạt vi phạm hành chính theo quy định. 

Trường hợp người nhập khẩu chưa thực hiện thủ tục hải quan nhập khẩu tại chỗ, nhưng Chi cục Hải quan xác định được trách nhiệm của người xuất khẩu, người nhập khẩu tại chỗ, giao dịch giữa các bên là có thật, đã hoàn thành việc giao nhận hàng hóa thì Chi cục Hải quan căn cứ hồ sơ vụ việc cụ thể đối chiếu với quy định tại Luật Quản lý thuế, Luật Xử phạt vi phạm hành chính và các văn bản hướng dẫn liên quan để xử lý thuế và xử phạt vi phạm hành chính.

Sau khi Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu tại chỗ đã hoàn thành xử lý theo hướng dẫn nêu trên thì thông báo để Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục xuất khẩu tại chỗ lập danh sách tờ khai xuất khẩu tại chỗ tương ứng còn treo trên hệ thống gửi Cục Công nghệ thông tin và Thống kê Hải quan để hỗ trợ xử lý theo quy định.

Đối với tờ khai xuất khẩu tại chỗ chưa có tờ khai nhập khẩu tại chỗ đối ứng đăng ký từ sau ngày 25/4/2021, Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố thực hiện nghiêm việc theo dõi để kịp thời phân loại, xử lý các tờ khai xuất khẩu tại chỗ chưa có tờ khai nhập khẩu. 

Về hỗ trợ xử lý đối với một số trường hợp khác trên hệ thống mà không thuộc trường hợp xuất nhập khẩu tại chỗ  đã đăng ký, đề nghị Cục Hải quan các tỉnh, thành phố lập danh sách gồm các chỉ tiêu tối thiểu: Số tờ khai, mã hải quan, ngày đăng ký, mã loại hình, lý do gửi về Tổng cục Hải quan để được hỗ trợ, xử lý.