Theo Cục Thuế TP. Hà Nội, Bộ Tài chính đã có Thông tư số 103/2014/TT-BTC ngày 06/08/2014 hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ thuế áp dụng đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam.

Điều 1 Thông tư 103/2014/TT-BTC hướng dẫn đối tượng áp dụng là tổ chức nước ngoài kinh doanh có cơ sở thường trú tại Việt Nam hoặc không có cơ sở thường trú tại Việt Nam; cá nhân nước ngoài kinh doanh là đối tượng cư trú tại Việt Nam hoặc không là đối tượng cư trú tại Việt Nam (sau đây gọi chung là Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài) kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam trên cơ sở hợp đồng, thỏa thuận hoặc cam kết giữa Nhà thầu nước ngoài với tổ chức, cá nhân Việt Nam hoặc giữa Nhà thầu nước ngoài với Nhà thầu phụ nước ngoài để thực hiện một phần công việc của Hợp đồng nhà thầu...

Điều 11 Thông tư trên hướng dẫn đối tượng và điều kiện áp dụng: Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài không đáp ứng được một trong các điều kiện nêu tại Điều 8 Mục 2 Chương II thì Bên Việt Nam nộp thay thuế cho Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài theo hướng dẫn tại Điều 12, Điều 13 Mục 3 Chương II.

Điều 12 Thông tư số 103/2014/TT-BTC hướng dẫn về việc tính thuế giá trị gia tăng (GTGT). Theo đó căn cứ tính thuế là doanh thu tính thuế GTGT và tỷ lệ % để tính thuế GTGT trên doanh thu.

Điều 13 hướng dẫn về việc tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Theo đó, căn cứ tính thuế là doanh thu tính thuế TNDN và tỷ lệ (%) thuế TNDN tính trên doanh thu tính thuế.

Bên cạnh đó, Khoản 4 Điều 7 Thông tư số 95/2016/TT-BTC ngày 28/06/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về đăng ký thuế hướng dẫn hồ sơ đăng ký thuế đối với người nộp thuế là tổ chức, cá nhân khấu trừ nộp thay có quy định hồ sơ đăng ký thuế gồm: Tờ khai đăng ký thuế mẫu số 04.1-ĐK-TCT ban hành kèm theo Thông tư này; Bảng kê các nhà thầu, nhà thầu phụ nước ngoài nộp thuế thông qua Bên Việt Nam mẫu số 04.1-ĐK-TCT-BK (đối với trường hợp Bên Việt Nam nộp thay thuế nhà thầu, nhà thầu phụ nước ngoài); Bản sao hợp đồng hợp tác kinh doanh (đối với trường hợp tổ chức nộp thay cho cá nhân hợp đồng, hợp tác kinh doanh)...

Bộ Tài chính cũng có Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/07/2013 của Chính phủ.

Tại Khoản 3 Điều 10 Thông tư trên đã hướng dẫn về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế. Theo đó: Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế tháng chậm nhất là ngày thứ 20 (hai mươi) của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế...; Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế theo từng lần phát sinh nghĩa vụ thuế chậm nhất là ngày thứ 10 (mười), kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế.

Tại Khoản 3 Điều 20 Thông tư số 156/2013/TT-BTC hướng dẫn về việc khai thuế đối với trường hợp nộp thuế GTGT tính trực tiếp trên GTGT, nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % tính trên doanh thu. Cụ thể, khai thuế đối với trường hợp nộp thuế GTGT tính trực tiếp trên GTGT, nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % tính trên doanh thu là loại khai theo lần phát sinh thanh toán tiền cho nhà thầu nước ngoài và khai quyết toán khi kết thúc hợp đồng nhà thầu.

Trường hợp bên Việt Nam thanh toán cho Nhà thầu nước ngoài nhiều lần trong tháng thì có thể đăng ký khai thuế theo tháng thay cho việc khai theo từng lần phát sinh thanh toán tiền cho Nhà thầu nước ngoài...

Hồ sơ khai thuế gồm: Tờ khai thuế theo mẫu số 01/NTNN ban hành kèm theo Thông tư 156/2013/TT-BTC; Bản chụp hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ có xác nhận của người nộp thuế (đối với lần khai thuế đầu tiên của hợp đồng nhà thầu); Bản chụp giấy phép kinh doanh hoặc giấy phép hành nghề có xác nhận của người nộp thuế.

Căn cứ hướng dẫn trên, theo Cục Thuế TP. Hà Nội, trường hợp Tổng cục Năng lượng  thực hiện triển khai Dự án Nhà máy nhiệt điện Quảng Trị do Công ty Điện lực quốc tế Thái Lan (EGATi) làm chủ đầu tư theo hình thức BOT, trong khi EGATi chưa thành lập doanh nghiệp tại Việt Nam, Tổng cục Năng lượng  ký hợp đồng dịch vụ tư vấn với Công ty luật Watson Farley & Williams Hồng Kông (Nhà thầu nước ngoài) để trợ giúp pháp lý đàm phán hợp đồng, việc thanh toán phí dịch vụ tư vấn cho Nhà thầu nước ngoài do EGATi thanh toán trực tiếp cho Nhà thầu nước ngoài, tiền thuế nhà thầu chuyển cho Tổng cục Năng lượng để nộp thuế (theo Dự thảo thỏa thuận về phí dịch vụ tư vấn 3 bên giữa Đơn vị, Nhà thầu nước ngoài và EGATi) thì Tổng cục Năng lượng  có trách nhiệm kê khai, nộp thuế nhà thầu thay cho nhà thầu nước ngoài theo quy định.

Trường hợp Tổng cục Năng lượng chưa có mã số thuế nộp thay thì nộp hồ sơ đăng ký thuế theo hướng dẫn tại Khoản 4 Điều 7 Thông tư số 95/2016/TT-BTC ngày 28/06/2016 của Bộ Tài chính nêu trên.

Theo Cục Thuế TP. Hà Nội, Tổng cục Năng lượng thực hiện kê khai và nộp thay thuế nhà thầu theo hướng dẫn tại Điều 12, Điều 13 Thông tư số 103/2014/TT-BTC ngày 06/08/2014 và khoản 3 Điều 10, khoản 3 Điều 20 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính. Thời điểm phát sinh nghĩa vụ kê khai, nộp thuế nhà thầu chậm nhất là ngày thứ 10 kể từ ngày EGATi chuyển tiền cho Nhà thầu nước ngoài.