Theo đó, đối với việc khai báo và kiểm tra xuất xứ hàng hóa, Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị khi làm thủ tục hải quan người khai hải quan phải khai báo thông tin (số, ngày, tháng, năm) Giấy chứng nhận xuất xứ (bao gồm C/O hoặc chứng từ tự chứng nhận xuất xứ) trên tờ khai hải quan, cơ quan hải quan yêu cầu người khai hải quan phải nộp Giấy chứng nhận xuất xứ tại thời điểm cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ hải quan.

Việc kiểm tra chứng từ chứng nhận xuất xứ thực hiện theo quy định tại Điều 26 Thông tư 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính và quy trình kiểm tra xác định xuất xứ ban hành kèm theo Quyết định 4286/QĐ-TCHQ của Tổng cục Hải quan về ban hành quy trình kiểm tra, xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Đối với xe ô tô có xuất xứ từ nước hoặc nhóm nước có thỏa thuận về áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt với Việt Nam theo các Hiệp định thương mại (FTAs)​ mà Việt Nam ký kết hoặc gia nhập, công chức hải quan thực hiện việc kiểm tra xuất xứ theo quy định tại từng hiệp định tương ứng, Thông tư hướng dẫn của Bộ Công Thương.

Đối với các trường hợp nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ không thuộc trường hợp nêu trên, công chức hải quan kiểm tra đối chiếu các thông tin trên chứng từ chứng nhận xuất xứ với nội dung khai hải quan, các chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan và thực tế hàng hóa nếu có nghi ngờ về tính trung thực của các chứng từ này thì báo cáo lãnh đạo chi cục tạm dừng thông quan, đồng thời có văn bản hoặc email trao đổi với nước cấp xuất xứ để xác minh nguồn gốc xe.

Theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan, đối với các lô hàng xe ô tô đã thông quan trước ngày 28/11/2016, các cục hải quan tỉnh, thành phố thực hiện các biện pháp rà soát lại hồ sơ để xác định cụ thể nguồn gốc xuất xứ của hàng hóa.../.