Theo Nghị định số 139/2016/NĐ-CP, mức thu đối với tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư trên 10 tỷ đồng là 3 triệu đồng/năm. Đối với tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư từ 10 tỷ đồng trở xuống là 2 triệu đồng/năm. Đối với chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, đơn vị sự nghiệp, tổ chức kinh tế khác là 1 triệu đồng/năm.

Mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức quy định trên căn cứ vào vốn điều lệ ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh. Trường hợp không có vốn điều lệ thì căn cứ vào vốn đầu tư ghi trong giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.

Khi các tổ chức này có thay đổi vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư thì căn cứ để xác định mức thu lệ phí môn bài là vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư của năm trước liền kề năm tính lệ phí môn bài. 

Trường hợp vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư được ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đăng ký đầu tư bằng ngoại tệ thì quy đổi ra tiền đồng Việt Nam để làm căn cứ xác định mức lệ phí môn bài theo tỷ giá mua vào của ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng nơi người nộp lệ phí môn bài mở tài khoản tại thời điểm người nộp phí môn bài nộp tiền vào ngân sách nhà nước.