Tại Thông tư quy định kinh phí thực hiện Chương trình được bảo đảm từ các nguồn: Ngân sách sự nghiệp khoa học và công nghệ được bố trí trong dự toán ngân sách nhà nước hàng năm; nguồn kinh phí khác, gồm kinh phí của các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp tham gia thực hiện các dự án thuộc Chương trình và kinh phí huy động từ các nguồn hợp pháp khác.

Ngân sách trung ương hỗ trợ có mục tiêu cho ngân sách địa phương để thực hiện các dự án thuộc Chương trình theo nguyên tắc: Đối với các địa phương khó khăn, chưa tự cân đối được ngân sách, ngân sách trung ương hỗ trợ tối đa không quá 50% mức kinh phí ngân sách nhà nước hỗ trợ để thực hiện dự án. Đối với các địa phương còn lại bố trí 100% từ nguồn ngân sách địa phương để thực hiện dự án.

Trong trường hợp Thủ tướng Chính phủ có quy định mới về tỷ lệ hỗ trợ có mục tiêu của ngân sách trung ương cho ngân sách địa phương, mức hỗ trợ quy định tại Thông tư sẽ được thực hiện theo quy định mới của Thủ tướng Chính phủ.

Các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp sử dụng kinh phí hỗ trợ từ nguồn ngân sách nhà nước để thực hiện Chương trình đảm bảo đúng mục đích, đúng quy định về tiêu chuẩn, định mức, chế độ chi tiêu hiện hành và chịu sự kiểm tra, kiểm soát của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.

Thông tư 348/2016/TT-BTC quy định rõ về nguyên tắc hỗ trợ và sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách nhà nước, cụ thể như sau:

Một là, việc cân đối nguồn ngân sách nhà nước đảm bảo cơ cấu theo tỷ lệ với các nguồn kinh phí khác quy định tại Điều 2 và Điều 5 của Thông tư này theo nhiệm vụ được duyệt.

Hai là, kinh phí hỗ trợ từ nguồn ngân sách nhà nước được lập kế hoạch chi tiết theo từng loại nguồn vốn cho cả giai đoạn thực hiện; được phân bổ và sử dụng theo tiến độ và cơ cấu trong dự toán của nhiệm vụ đã được phê duyệt.

Ba là, quy trình lập dự toán, phân bổ, sử dụng và thanh quyết toán kinh phí hỗ trợ từ nguồn ngân sách nhà nước thực hiện theo quy định của Luật ngân sách nhà nước và các văn bản có liên quan.

Bốn là, các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp sử dụng kinh phí hỗ trợ từ nguồn ngân sách nhà nước để thực hiện Chương trình đảm bảo đúng mục đích, đúng quy định về tiêu chuẩn, định mức, chế độ chi tiêu hiện hành và chịu sự kiểm tra, kiểm soát của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.

Ngoài ra, Thông tư cũng hướng dẫn cụ thể về Nguyên tắc sử dụng nguồn kinh phí khác, trong trường hợp Tổ chức chủ trì, đơn vị quản lý các nhiệm vụ của Chương trình, đơn vị quản lý kinh phí thực hiện các nhiệm vụ của Chương trình và các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp tham gia thực hiện các dự án thuộc Chương trình phải có trách nhiệm:

Huy động, sử dụng và giải ngân các nguồn kinh phí khác theo đúng phương án huy động các nguồn tài chính, đảm bảo đúng tỷ lệ so với nguồn ngân sách nhà nước quy định tại Điều 5 của Thông tư này theo nhiệm vụ được duyệt.

Giám sát việc huy động, sử dụng, giải ngân các nguồn kinh phí khác đúng tiến độ, cơ cấu và tổng mức quy định tại hợp đồng đã ký.