Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Luật thuế Thu nhập cá nhân (TNCN), Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế TNCN và Nghị định số 65/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật thuế TNCN và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế TNCN: “Khấu trừ thuế là việc tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện tính trừ số thuế phải nộp vào thu nhập của người nộp thuế trước khi trả thu nhập”.

Cục thuế Hà Nội hướng dẫn, đối với trường hợp doanh nghiệp không ký hợp đồng lao động mà ký hợp đồng học việc với nhân viên thực tập thì khi chi trả thu nhập từ 2 triệu đồng/lần trở lên,  doanh nghiệp sẽ phải khấu trừ thuế TNCN theo mức 10% trên thu nhập trước khi trả cho nhân viên thực tập.

Đối với trường hợp doanh nghiệp chấm dứt hợp đồng lao động, đối với khoản trợ cấp thôi việc, người lao động nghỉ việc theo quy định của Luật Bảo hiểm xã hội và Bộ luật Lao động thì không tính vào thu nhập chịu thuế từ tiền lương, tiền công của người lao động. Còn đối với khoản tiền lương, tiền công và các khoản có tính chất tiền lương, tiền công chi trả cho người lao động thì khấu trừ theo biểu thuế lũy tiến từng phần.

Riêng đối với khoản hỗ trợ tài chính mà doanh nghiệp trả thêm cho người lao động sau khi đã chấm dứt hợp đồng lao động, nếu khoản chi này từ 2 triệu đồng trở lên thì doanh nghiệp phải khấu trừ thuế TNCN theo mức 10% trên tổng thu nhập chi trả, không phân biệt có mã số thuế hay chưa có mã số thuế.

Theo hướng dẫn tại Thông tư 111/2013/TT-BTC, nếu cá nhân làm Bản cam kết 23/CK-TNCN chỉ có thu nhập duy nhất tại công ty mà tổng mức thu nhập chịu thuế của cá nhân sau khi trừ gia cảnh chưa đến mức phải nộp thuế thì công ty tạm thời chưa khấu trừ thuế TNCN của cá nhân đó. Cá nhân chỉ được làm bản cam kết khi đã có mã số thuế TNCN.