Những đổi mới căn bản về hoàn thuế

Tại kỳ họp thứ 11 Quốc hội Khoá XIII ngày 06/4/2016, Quốc hội đã thông qua Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT), Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt, Luật Quản lý Thuế. Trong đó, quy định về hoàn thuế GTGT tại Điều 13 Luật thuế GTGT có 03 nội dung mới được sửa đổi, bổ sung như sau:

Thứ nhất, cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo. Việc sửa đổi này thay cho quy định trước đây là được hoàn thuế nếu doanh nghiệp (DN) có số thuế GTGT đầu vào luỹ kế 12 tháng chưa được khấu trừ hết.

Thứ hai, trường hợp cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư mới, có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào đang sử dụng cho đầu tư mà DN chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT. Tuy nhiên, sẽ không được hoàn số thuế GTGT chưa được khấu trừ của dự án đầu tư, mà chuyển sang kỳ tiếp theo để khấu trừ đối với các trường hợp:

- Dự án đầu tư của DN không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động;

- Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng giá trị tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.

Thứ ba, cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế theo tháng, quý. Tuy nhiên, việc hoàn thuế sẽ không áp dụng trong trường hợp hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu mà không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan.

Bên cạnh đó, Luật có quy định mới tạo thuận lợi và nhiều ưu đãi cho DN chấp hành tốt pháp luật về thuế và hải quan, đó là áp dụng chế độ ưu tiên là: Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế là DN sản xuất hàng hóa xuất khẩu mà trong 2 năm liên tục không vi phạm pháp luật về thuế, hải quan và người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật Quản lý thuế.

Như vậy, việc sửa đổi quy định về hoàn thuế sẽ góp phần ngăn chặn tình trạng trốn thuế, lợi dụng hoàn thuế đối với những DN lâu nay làm ăn bất chính do tận dụng quy định được khấu trừ toàn bộ thuế đầu vào trong khi họ bán hàng không xuất hoá đơn đầu ra.

Với quy định mới mà DN vẫn làm như trước thì tự chịu lấy toàn bộ số thuế đầu vào không được khấu trừ, ngân sách nhà nước (NSNN) cũng sẽ giảm được rủi ro khâu hoàn thuế. Đồng thời, xoá bỏ tình trạng khó khăn lâu nay là: trong một DN có tháng thì được hoàn thuế, nhưng có tháng phải nộp thuế; nhiều khi số thuế đề nghị hoàn đang bị khoanh lại nhưng DN phải bỏ tiền nộp thuế ngay.

Đến những hướng dẫn cụ thể

Để công tác hoàn thuế được thuận lợi cho cơ quan quản lý cũng như DN, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT. Theo đó, Thông tư này hướng dẫn về việc quản lý hoàn thuế GTGT của người nộp thuế thuộc cơ quan thuế quản lý theo quy định của Luật NSNN, Luật Thuế GTGT, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Cụ thể, việc tiếp nhận, giải quyết, kiểm tra, thanh tra hoàn thuế giá trị gia tăng; Quản lý kinh phí dự toán hoàn thuế GTGT; Trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng; Hoàn thuế cho hàng hóa của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang theo khi xuất cảnh; Hoàn trả số tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa.

Người nộp thuế thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định tại Luật Thuế GTGT tự xác định số tiền thuế GTGT đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế, khai đề nghị hoàn thuế, lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

- Về quy trình giải quyết hoàn thuế GTGT: Thông tư quy định, người nộp thuế được gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính. Sau đó cơ quan thuế sẽ thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT cụ thể như sau: Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên, trừ trường hợp hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần của các hãng vận tải nước ngoài; Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu; Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 2 năm, kể từ thời điểm bị cơ quan quản lý thuế xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế; Người nộp thuế sản xuất, kinh doanh hàng hóa xuất khẩu đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 2 năm, kể từ thời điểm bị cơ quan quản lý nhà nước xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, gian lận thương mại; DN sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; Giao, bán, khoán, cho thuê DN nhà nước…

Trường hợp, kết quả phân loại hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, cơ quan thuế gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau cho người nộp thuế trong thời hạn 6 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, thông báo được gửi cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Về cách xác định số thuế GTGT được hoàn của người nộp thuế, đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau, cơ quan thuế căn cứ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin về người nộp thuế do cơ quan thuế quản lý tại cơ sở dữ liệu hoàn thuế GTGT để kiểm tra đối tượng và trường hợp được hoàn thuế.

Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế. Căn cứ kết quả kiểm tra thuế, thanh tra thuế, cơ quan thuế xác định số thuế được hoàn của người nộp thuế. Số tiền thuế GTGT được hoàn phải đảm bảo đã được khai thuế theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành; đảm bảo điều kiện khấu trừ, hoàn thuế quy định.

- Về thời hạn hoàn thuế GTGT: Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau: Nếu hồ sơ hoàn thuế không thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn hoặc chưa đủ thông tin để xác định thì cơ quan thuế gửi thông báo cho người nộp thuế trong vòng 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hoàn thuế; Nếu đủ điều kiện hoàn thuế thì cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn thuế trong thời hạn không quá 06 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hoàn thuế.

Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau thì cơ quan thuế tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế và ban hành quyết định hoàn thuế trong thời hạn không quá 40 ngày, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hoàn thuế. Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh chi hoàn thuế cho người nộp thuế chậm nhất là 3 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được lệnh hoàn trả khoản thu NSNN, lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách do cơ quan thuế chuyển đến.

Trong quá trình giải quyết hoàn thuế mà cơ quan thuế qua công tác kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật và đã chuyển hồ sơ cho cơ quan công an điều tra hoặc người nộp thuế bị cơ quan nhà nước có thẩm quyền thu giữ sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ liên quan đến số thuế đề nghị hoàn thì cơ quan thuế phải thông báo cho người nộp thuế về việc hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn thuế. Cơ quan thuế thực hiện giải quyết hoàn thuế khi có kết quả hoặc ý kiến của cơ quan công an hoặc của cơ quan có thẩm quyền hoặc khi có đủ hồ sơ theo quy định.

Tài liệu tham khảo:

1. Quốc hội: Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế TTĐB, Luật Quản lý Thuế;

2. Bộ Tài chính: Thông tư số 99/2016/TT-BTC hướng dẫn quản lý hoàn thuế GTGT;

3. PGS.,TS. Lê Xuân Trường: Quy định pháp luật mới về thuế GTGT.