Tại Thông tư 99/2016/TT-BTC về quản lý hoàn thuế gia trị gia tăng (GTGT) đã làm rõ nguyên tắc áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế GTGT. Theo Tổng cục Thuế, cơ quan Thuế áp dụng quản lý rủi ro để khuyến khích, tạo điều kiện thuận lợi để người nộp thuế tuân thủ tốt các quy định của pháp luật, đồng thời phòng chống, phát hiện, xử lý kịp thời các hành vi vi phạm pháp luật thuế trong quản lý thuế đối với người nộp thuế.

Việc đánh giá rủi ro, đánh giá tuân thủ pháp luật của người nộp thuế căn cứ vào các quy định của pháp luật, các quy trình, biện pháp nghiệp vụ quản lý thuế, dựa trên tiêu chí quản lý rủi ro, thông tin nghiệp vụ và thông tin, dữ liệu có trên “Hệ thống cơ sở dữ liệu về người nộp thuế” của Tổng cục Thuế.

Theo đó, cơ quan Thuế thực hiện kiểm tra, thanh tra, giám sát, kiểm soát trên cơ sở đánh giá xếp hạng mức độ rủi ro cao, áp dụng các biện pháp phù hợp đối với những trường hợp được đánh giá xếp hạng mức độ rủi ro thấp. Thông tư quy định rõ việc áp dụng biện pháp nghiệp vụ quản lý hoàn thuế đối với một số trường hợp rủi ro cao về thuế như:

Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế mua hàng hóa, dịch vụ của người nộp thuế khác (bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ) có hành vi trốn thuế, gian lận thuế, cơ quan Thuế phải bổ sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ; hoặc đề nghị cơ quan Thuế quản lý trực tiếp bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ bổ sung kế hoạch và thực hiện kiểm tra, thanh tra hoặc cung cấp thông tin về việc chấp hành pháp luật thuế của bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ để có căn cứ giải quyết hoàn thuế.

Với trường hợp người nộp thuế có giao dịch thanh toán liên quan đến tổ chức, cá nhân có giao dịch đáng ngờ theo danh sách cảnh báo của cơ quan thanh tra, giám sát ngân hàng; hoặc qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có chứng từ thanh toán qua ngân hàng có nội dung chưa đầy đủ, chưa đúng quy định, cơ quan Thuế có văn bản yêu cầu tổ chức tín dụng, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán có liên quan cung cấp thông tin (bao gồm cả sổ phụ tài khoản) của người trả (hoặc chuyển) tiền, người thụ hưởng số tiền trên chứng từ (hoặc cá nhân liên quan đến người thụ hưởng) để có căn cứ giải quyết hoàn thuế GTGT;

Trong trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế theo quy định của pháp luật về thuế và có dấu hiệu tội phạm, cơ quan Thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan Công an để xử lý theo quy định của Bộ Luật tố tụng hình sự.

Trong một buổi họp báo gần đây liên quan đến vấn đề này, đại diện Tổng cục Thuế cho biết, lợi ích của việc áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT sẽ tăng tỉ lệ người nộp thuế tuân thủ tốt pháp luật. Bên cạnh đó, ngành Thuế có các biện pháp phối hợp đánh giá rủi ro, phân loại hồ sơ, lựa chọn các trường hợp rủi ro cao để kiểm tra, tạo điều kiện những người nộp tuân thủ tốt pháp luật.

Cơ quan Thuế sẽ thực hiện cập nhật thông tin đầy đủ vào hệ thống cơ sở dữ liệu thông tin nghiệp vụ thuế và hệ thống cơ sở dữ liệu về người nộp thuế theo nguyên tắc điện tử hóa, số hóa các chứng từ, thông tin liên quan. Các hoạt động tác nghiệp phải thực hiện trên hệ thống, đảm bảo cập nhật trạng thái quản lý thường xuyên, liên tục.

Theo Tổng cục Thuế, tinh thần chung sẽ là nỗ lực triển khai hoàn thuế nhanh kịp thời, phấn đấu tăng tỉ lệ hồ sơ “hoàn trước” so với hiện tại. Mục tiêu cuối năm 2016, tỉ lệ hoàn trước kiểm sau ít nhất là 80%. Trong đó, tối thiểu 20% kiểm tra sau hoàn thuế trong vòng 12 tháng, như vậy phải kiểm tra ngay trước và ngay sau hoàn thuế là 40%.