Theo quy định hiện hành tại Điều 22 Luật Hải quan, hồ sơ hải quan gồm 5 loại giấy tờ: tờ khai, hoá đơn thương mại, hợp đồng mua bán, giấy phép xuất nhập khẩu (XNK) (nếu có) và các chứng từ khác theo quy định của pháp luật. Quá trình thực hiện cho thấy, một số loại chứng từ bắt buộc phải có trong hồ sơ hải quan nhưng trong thực tế quản lý, cơ quan Hải quan chỉ cần chúng để quản lý trong một số trường hợp cần thiết.

Mặt khác, tại điểm a khoản 1 Điều 16 Luật Hải quan hiện hành quy định người khai hải quan phải nộp các chứng từ đi kèm tờ khai hải quan khi làm thủ tục hải quan. Quy định này không phù hợp với việc thực hiện khai và nộp hồ sơ bằng phương thức điện tử do các chứng từ đi kèm tờ khai hải quan có dung lượng lớn, làm chậm tốc độ xử lý của hệ thống. Hệ thống cũng chỉ xử lý được các thông tin trên tờ khai, chưa thể xử lý được các thông tin trên chứng từ thuộc hồ sơ khai hải quan. Như vậy, việc nộp các chứng từ đi kèm tờ khai chỉ cần thiết đối với trường kiểm tra chi tiết hồ sơ để xác định tính chính xác của việc khai hải quan. Việc yêu cầu nộp ngay các chứng từ đi kèm tờ khai khi đăng ký tờ khai đối với trường hợp miễn kiểm tra hồ sơ là không cần thiết, chưa thực sự tạo thuận lợi cho doanh nghiệp (DN).

Luật Hải quan hiện hành quy định chung về khai trên tờ khai hải quan đối với hàng hoá XNK và chưa có quy định riêng đối với trường hợp đặc thù. Trường hợp hàng hoá trị giá thấp nhưng vẫn phải khai đầy đủ các tiêu chí như những lô hàng XNK thông thường; phải nộp thuế mặc dù mức thuế thấp, trong khi chi phí hành chính để kê khai, thu, nộp thuế có thể cao hơn.

Chính vì vậy, để đơn giản hóa thủ tục hành chính về hải quan, tại Khoản 1 điều 24 của Luật Hải quan (sửa đổi) quy định chung thống nhất về hồ sơ hải quan. theo đó, chỉ có tờ khai hải quan là chứng từ bắt buộc phải có khi làm thủ tục hải quan. đối với các chứng từ khác thuộc hồ sơ hải quan giao Bộ Tài chính quy định cụ thể trường phải nộp hoặc xuất trình phù hợp với quy định của pháp luật liên quan.

Theo Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Vũ Ngọc Anh, đây là điểm khác so với Luật Hải quan hiện hành, nhằm đơn giản hóa, rút gọn hồ sơ hải quan và tạo điều kiện thuận lợi cho XNK.

Bên cạnh đó, việc sử dụng tờ khai tạm và chứng từ thương mại thay thế sẽ do Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định, bởi thực tế hiện nay một số trường hợp chỉ cần DN mang hóa đơn thương mại tới cơ quan Hải quan là có thể nhận hàng và sau đó làm thủ tục bổ sung sau. Hiện nay quy định này cũng đã được đưa vào Luật.

Đối với các phương tiện vận tải cũng vậy, không phải khai nếu như các chứng từ khác thay thế có đủ đảm bảo để cơ quan Hải quan kiểm tra. Bên cạnh đó, Luật cũng phân biệt rõ thủ tục hải quan với phương tiện vận tải thương mại và phương tiện vận tải cá nhân.

Đối với trường hợp áp dụng cơ chế một cửa quốc gia, tại Khoản 3 Điều 24 Luật Hải quan sửa đổi cũng quy định cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành gửi giấy phép XNK, văn bản thông báo kết quả kiểm tra, miễn kiểm tra chuyên ngành dưới dạng điện tử thông qua hệ thống thông tin tích hợp (người khai hải quan không phải nộp chứng từ này). Có thể thấy, đây cũng là bước cải tiến trong công tác quản lý hải quan, cũng như ràng buộc trách nhiệm của các cơ quan chức năng trong việc quản lý và phối hợp gửi chứng từ cho cơ quan Hải quan.

Giảm thời gian làm thủ tục

Tiếp tục trong công tác CCTTHC, Luật đã quy định rõ thời hạn công chức làm thủ tục hải quan. Về thời hạn cơ quan Hải quan làm thủ tục hải quan: tại Điều 23 của Luật Hải quan sửa đổi đã quy định rõ công chức hải quan kiểm tra hồ sơ chậm nhất 2 giờ làm việc kể từ thời điểm cơ quan hải quan tiếp nhận đầy đủ hồ sơ hải quan; thời gian kiểm tra thực tế hàng hoá là 8 giờ làm việc kể từ thời điểm người khai hải quan xuất trình đầy đủ hàng hoá cho cơ quan Hải quan (Luật hiện hành là 2 ngày làm việc); trường hợp cần thiết phải gia hạn thì thời gian gia hạn tối đa không quá 2 ngày.

Tại Khoản 4 Điều 23 Luật Hải quan sửa đổi cũng quy định rõ: Cơ quan Hải quan thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa vào ngày lễ, ngày nghỉ và ngoài giờ làm việc để bảo đảm kịp thời việc xếp dỡ hàng hóa XK, NK việc xuất cảnh, nhập cảnh của hành khách, phương tiện vận tải hoặc trên cơ sở đề nghị của người khai hải quan và phù hợp với điều kiện thực tế của địa bàn hoạt động hải quan.

Bỏ quy định thông báo định mức

Về thủ tục hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu (NK) để gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu (XK), khoản 1 Điều 59 Luật Hải quan sửa đổi quy định rõ, đây là đối tượng chịu sự kiểm tra, giám sát hải quan từ khi NK, trong quá trình sản xuất ra sản phẩm cho đến khi sản phẩm được XK hoặc thay đổi mục đích sử dụng. Theo đó, việc quản lý, theo dõi hàng hóa không thực hiện trên cơ sở thanh khoản từng tờ khai như hiện nay mà thực hiện trên cơ sở lượng hàng hóa nhập - xuất - tồn.

Cơ quan Hải quan có trách nhiệm kiểm tra cơ sở gia công, sản xuất; năng lực gia công, sản xuất; việc sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; việc quyết toán, quản lý, sử dụng nguyên liệu, vật tư NK để sản xuất, gia công hàng hóa XK (Điều 59); DN có trách nhiệm thực hiện chế độ quản lý, kế toán, thống kê, lưu giữ chứng từ, sổ sách, số liệu hàng hóa đưa vào, đưa ra cơ sở gia công, sản xuất; thực hiện báo cáo quyết toán việc quản lý, sử dụng nguyên liệu, vật tư NK, hàng hóa XK; xuất trình sổ sách, chứng từ, hàng hóa khi cơ quan Hải quan kiểm tra (Điều 60).

Theo phân tích của Phó Tổng cục trưởng Vũ Ngọc Anh, đây là thay đổi rất lớn trong cách thức thực hiện của cơ quan Hải quan. Bởi định mức sử dụng nguyên liệu, vật tư chủ yếu NK để gia công, sản xuất hàng hóa XK là do DN sản xuất tự xây dựng trên cơ sở thực tế hoạt động sản xuất. DN lưu giữ và sử dụng khi lập báo cáo thanh khoản, báo cáo nhập - xuất - tồn với cơ quan Hải quan.

Trên thực tế, DN NK nhiều mã hàng với nhiều định mức khác nhau, và định mức này có thể được điều chỉnh trong quá trình sản xuất. Việc yêu cầu DN thông báo định mức sẽ phát sinh thêm thủ tục hành chính, gây khó khăn cho DN và cơ quan Hải quan không thể kiểm tra tất cả các định mức DN thông báo.

Để tạo thuận lợi cho DN trong hoạt động gia công, sản xuất hàng XK đã bỏ quy định về trách nhiệm của tổ chức, cá nhân trong việc thông báo định mức sử dụng nguyên liệu gia công, sản xuất hàng hóa XK cho cơ quan Hải quan. Tuy nhiên, đối với cơ quan Hải quan sẽ thêm công việc cho các đơn vị quản lý mặt hàng  này cũng như tăng thêm bộ máy để làm công việc này.