Theo đó, quy trình thanh toán thuế, phí, lệ phí trong trường hợp lập chứng từ trực tiếp tại Cổng Thông tin điện tử hải quan như sau:

Tổng cục Hải quan căn cứ thông tin đề nghị của người nộp thuế, ký số của Tổng cục Hải quan và thực hiện thông báo tới ngân hàng thương mại (NHTM) được yêu cầu trích chuyển tài khoản (theo mẫu thông điệp 304 hoặc 305 tại phụ lục của quy chế ban hành kèm theo Quyết định 384/QĐ-TCHQ).

Khi nhận được thông tin thông báo từ Cổng thanh toán điện tử hải quan, NHTM gửi thông báo kết quả đã tiếp nhận được yêu cầu của người nộp thuế tới Cổng thanh toán điện tử hải quan (theo mẫu thông điệp 200 hoặc 299 tại phụ lục của quy chế ban hành kèm theo Quyết định 384/QĐ-TCHQ).

Sau khi NHTM kiểm tra chữ ký số của người nộp thuế và của Tổng cục Hải quan, thông tin ủy quyền trích nợ, số dư tài khoản và gửi thông điệp thông báo kết quả xử lý yêu cầu của người nộp thuế (theo mẫu thông điệp 213 tại phụ lục của quy chế này). Hệ thống Cổng thanh toán điện tử hải quan tiếp nhận và thông báo kết quả xử lý của NHTM cho người nộp thuế. Người nộp thuế có thể xem kết quả xử lý của NHTM đối với yêu cầu của người nộp thuế trên Cổng thanh toán điện tử hải quan.

Trường hợp yêu cầu trích tài khoản của người nộp thuế được NHTM chấp nhận, NHTM thực hiện gửi lệnh thanh toán đến Cổng thanh toán điện tử hải quan. Quy trình trao đổi thông tin nộp tiền tiếp tục thực hiện theo quy định tại Quyết định 384/QĐ-TCHQ và Thỏa thuận hợp tác đã ký kết giữa Tổng cục Hải quan và các NHTM.”