Việc cấp phép nhập khẩu tự động đối với mặt hàng phân bón đã được thực hiện trong hơn 2 năm qua. Tuy nhiên, ngay từ lúc thông tư này mới ban hành, Hiệp hội Phân bón Việt Nam và các doanh nghiệp đã lên tiếng và cho rằng, việc này gây khó khăn hơn cho doanh nghiệp khi phải đáp ứng được các điều kiện cấp phép để tiếp tục hoạt động nhập khẩu phân bón, kinh doanh. 

Trước thực trạng đó, Bộ NN&PTNT đã có văn bản đồng ý với đề xuất của Bộ Công Thương liên quan việc cấp giấy phép nhập khẩu tự động mặt hàng phân bón.

Theo đó, Bộ NN&PTNT đồng ý việc bãi bỏ chế độ cấp giấy phép nhập khẩu tự động và không quy định cửa nhập khẩu đối với mặt hàng phân bón ure, phân khoáng hoặc phân hoá học có chứa ba nguyên tố cấu thành nitơ, phospho và kali (phương án 2).

Theo Bộ NN&PTNT, điều này để cải thiện môi trường kinh doanh, nâng cao năng lực cạnh tranh theo tinh thần của Nghị quyết số 19 và phù hợp với Nghị định số 187/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thương mại về hoạt động mua bán hàng hoá quốc tế và các hoạt động đại lý mua, bán, gia công và quá cảnh hàng hoá với nước ngoài.

Trước đó, Bộ Công Thương ban hành Thông tư số 35/2014/TT-BCT quy định việc áp dụng chế độ cấp Giấy phép nhập khẩu tự động đối với một số mặt hàng phân bón.

Thông tư này quy định việc áp dụng chế độ cấp Giấy phép nhập khẩu tự động đối với một số mặt hàng phân bón thuộc danh mục quy định.

Trình tự, thủ tục cấp giấy phép nhập khẩu tự động phải tuân thủ các nội dung như: Thương nhân gửi 1 bộ hồ sơ đăng ký cấp giấy phép nhập khẩu tự động tới địa chỉ cơ quan cấp phép theo đường bưu điện; ngày tiếp nhận hồ sơ được tính theo ngày ghi trên dấu công văn đến; thời hạn cấp giấy phép nhập khẩu tự động là 7 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, hợp lệ, trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan cấp phép có văn bản yêu cầu thương nhân bổ sung, hoàn chỉnh hồ sơ. Giấy phép nhập khẩu tự động được gửi cho thương nhân theo đường bưu điện theo địa chỉ ghi trên đơn đăng ký.