Trong năm 2013, thông qua kiểm soát chi thường xuyên, toàn hệ thống KBNN đã phát hiện hơn 76.000 khoản chi của gần 35.000 lượt đơn vị chưa chấp hành đúng thủ tục, chế độ quy định và đã từ chối chưa thanh toán số tiền khoảng 1.502 tỷ đồng, trong đó, từ chối chi hơn 14 tỷ đồng.

Đối với chi đầu tư, KBNN đã từ chối thanh toán khoảng 90 tỷ đồng do chủ đầu tư đề nghị thanh toán cao hơn giá trúng thầu, sai số hoặc do không có trong hợp đồng, dự toán.

Trong công tác bảo đảm an ninh, an toàn tiền, tài sản, KBNN đã phát hiện, thu giữ và xử lý hơn 1.400 tờ tiền giả các loại, trả lại 9.758 món tiền khách hàng nộp thừa với tổng số gần 11 tỷ đồng.