Số DN được kiểm tra là 54.671 DN, đạt 65,51% kế hoạch năm 2017, bằng 123,61% so với cùng kỳ năm 2016. Tổng số truy thu, truy hoàn, phạt là 4.120,2 tỷ đồng, bằng 99,64% so với cùng kỳ năm 2016. Số đã nộp NSNN là 2.201,1 tỷ đồng, đạt 53,4% số thuế tăng thu qua kiểm tra tại DN và bằng 89,56% so với cùng kỳ năm 2016.

Bên cạnh việc thanh tra, kiểm tra tại DN, cơ quan Thuế cũng kiểm tra được 354.426 hồ sơ tại trụ sở, bằng 60,41% so với cùng kỳ năm 2016. Qua đó, xử lý điều chỉnh thu vào ngân sách 150,54 tỷ đồng, bằng 58,26% so với cùng kỳ năm 2016. Qua kiểm tra rà soát các hồ sơ khai thuế tại trụ sở, cơ quan Thuế đã phát hiện những sai sót, ẩn lậu của người nộp thuế để điều chỉnh tăng số thuế kê khai hoặc ấn định thuế. Cụ thể: Thanh tra Tổng cục Thuế đã trình lãnh đạo Tổng cục ban hành 41 quyết định thanh tra, kiểm tra, xử lý tăng thu và kiến nghị nộp 2.612,56 tỷ đồng; giảm lỗ 1.066,8 tỷ đồng; giảm khấu trừ 55,86 tỷ đồng; đã nộp NSNN 2.263,2 tỷ đồng. Vụ DN lớn đã xử lý vi phạm 10 DN, truy thu 1.685,93 tỷ đồng, đã nộp NSNN 100% số truy thu.

Toàn Ngành đã thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế GTGT với tổng số là 4.644 quyết định hoàn thuế trước, kiểm tra sau. Trong đó, số quyết định hoàn thuế phát sinh năm 2017 đã thanh tra, kiểm tra là 922 quyết định, quyết định hoàn thuế phát sinh trước năm 2017 là 722 quyết định. Tổng số tiền phải thu hồi hoàn, truy hoàn và xử lí vi phạm hành chính 190 tỷ đồng. Tổng số tiền đã nộp NSNN là 84.2 tỷ đồng

Cùng với hoạt động thanh tra, kiểm tra, việc đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế cũng được triển khai tích cực. Các đơn vị trong Ngành đều tập trung tổng hợp, phân tính cơ cấu nợ thuế, phân loại nợ, xác định nguyên nhân nợ tăng, đánh giá kết quả thực hiện đôn đốc thu và cưỡng chế nợ. Tổng cục Thuế thường xuyên chỉ đạo, đôn đốc các Cục Thuế thực hiện kịp thời các biện pháp đôn đốc và cưỡng chế nợ thuế. Tính đến hết 31/8/2017, toàn Ngành đã đôn đốc thu nợ được 32.044 tỷ đồng, đạt tỷ lệ 65,7% số tiền thuế nợ tại thời điểm 31/12/2016, tăng 13,3% so với cùng kỳ năm 2016.

Tổng số tiền thuế nợ tính đến thời điểm 31/8/2017 là 74.127 tỷ đồng, so với 31/12/2016 giảm 96 tỷ đồng (0,1%); so với thời điểm 31/7/2017 giảm 810 tỷ đồng (1,1%). Trong số đó, tiền thuế nợ có khả năng thu đến 90 ngày và trên 90 ngày là 27.913 tỷ đồng, chiếm tỷ trọng 37,7% tổng số tiền thuế nợ; tiền phạt vi hành chính về thuế và tiền chậm nộp (0,03%/ngày) là 18.126 tỷ đồng, chiếm tỷ trọng 24,5% tổng số tiền thuế nợ; tiền thuế nợ của người nộp thuế đã chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự, liên quan đến trách nhiệm hình sự, đã tự giải thể, phá sản, ngừng, nghỉ và bỏ địa chỉ kinh doanh (không có khả năng thu hồi) là 28.088 tỷ đồng, chiếm tỷ trọng 37,8% tổng số tiền thuế nợ.

Số tiền thuế nợ có khả năng thu tính đến 31/8/2017 đã giảm mạnh so với năm 2016 (9,5%), tỷ lệ tổng nợ có khả năng thu so với tổng dự toán thu nội địa chỉ ở mức 4,9%, so với tổng thu NSNN bằng 3,8%. Theo Tổng cục Thuế, có đến 62,3% số nợ thuế hiện nay là số nợ không có khả năng thu hồi và tiền phạt, tiền chậm nộp.

Tốc độ giảm nợ còn chậm là do các DN gặp khó khăn tài chính, hoạt động cầm chừng nay đã khắc phục, tháo gỡ khó khăn hoạt động trở lại, nhưng không có dòng tiền để nộp đủ tiền thuế nợ, chỉ trả được nợ cũ, còn nợ lại phần nghĩa vụ mới phát sinh, các DN nợ thuế có khả năng nộp thì đã được cơ quan Thuế tập trung xử lý áp dụng các biện pháp cưỡng chế thu. Các DN nợ còn lại là DN khó khăn, không có khả năng nộp 12 tháng chỉ phát sinh kê khai thuế nộp thuế môn bài, thậm chí nhiều DN không còn tài sản để nộp thuế cơ quan Thuế đã áp dụng đến biện pháp cưỡng chế hóa đơn nhưng không nộp được.

Cũng nhằm chống thất thu, Tổng cục Thuế đang triển khai đề án chống thất thu từ khu vực hộ và DN ngoài quốc doanh theo Kế hoạch số 1359/QĐ-TCT ngày 4/8/2017 về việc ban hành kế hoạch chống thất thu và chấn chỉnh công tác quản lý khoán thuế đối với cơ sở kinh doanh. Theo đó, Tổng cục Thuế đã triển khai các đoàn công tác làm việc tại một số chi cục thuế tại Cục Thuế Hà Nội, TP. HCM để chỉ đạo và triển khai trực tiếp kế hoạch; đã phê duyệt việc thành lập 3 đoàn kiểm tra để thực hiện kiểm tra đối với 10 DN và 40 hộ kinh doanh thuộc diện rủi ro cao trong 3 tháng cuối năm.