Theo Cục thuế Bình Dương, Điều 7 Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính quy định bổ sung Khoản 8, Điều 23, Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau: Doanh nghiệp (DN) còn thời gian hưởng ưu đãi thuế theo điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu nhưng bị ngừng ưu đãi thuế do thực hiện cam kết với Tổ chức thương mại thế giới (WTO) đối với hoạt động dệt, may từ 11/01/2007 và hoạt động khác từ 01/01/2012 thì được lựa chọn kết hợp không đồng thời, không đồng bộ ưu đãi về thuế suất và thời gian miễn, giảm thuế để tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế thu nhập DN (TNDN) cho thời gian còn lại kể từ năm 2007 đối với hoạt động dệt, may hoặc kể từ năm 2012 đối với hoạt động khác, tương ứng với các điều kiện ưu đãi thuế mà thực tế DN đáp ứng (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, do sử dụng nguyên liệu trong nước) quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN.

Cụ thể là các văn bản có hiệu lực trong thời gian từ ngày DN được cấp Giấy phép thành lập đến trước ngày Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14/2/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế TNDN có hiệu lực thi hành hoặc theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN tại thời điểm bị điều chỉnh ưu đãi thuế do thực hiện cam kết WTO.

Trường hợp DN đã lựa chọn phương án chuyển đổi theo văn bản trước đây (không phân biệt trường hợp DN đã hoặc chưa được kiểm tra, thanh tra thuế), nếu thực hiện chuyển đổi theo hướng dẫn tại Thông tư này có lợi hơn thì DN được phép lựa chọn chuyển đổi lại theo hướng dẫn tại Thông tư này.

DN thực hiện khai điều chỉnh, bổ sung theo quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành về quản lý thuế và không bị xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với hành vi khai sai do điều chỉnh lại. Trường hợp sau khi khai điều chỉnh, bổ sung DN có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số thuế phải nộp thì được bù trừ với số thuế phải nộp của kỳ thuế tiếp theo hoặc được hoàn lại số đã nộp thừa theo quy định.

Trường hợp DN đã thực hiện điều chỉnh theo cam kết WTO đối với hoạt động dệt may theo các văn bản trước đây nếu bị xử lý vi phạm pháp luật về thuế, tính tiền chậm nộp và DN đã thực hiện nộp tiền phạt và tiền chậm nộp thì không thực hiện điều chỉnh lại.

Căn cứ quy định nêu trên và công văn số 3739/TCT-CS ngày 18/8/2017 của Tổng cục Thuế trả lời cho Cục Thuế tỉnh Bình Dương về chính sách thuế TNDN đối với Công ty TNHH Apparel Far Eastern (Việt Nam), Cục Thuế hướng dẫn các mức ưu đãi của Công ty TNHH Apparel Far Eastern (Việt Nam) như sau:

Công ty thành lập theo giấy phép đầu tư số 64/GP- KCN-VS do Ban quản lý các Khu công nghiệp Việt Nam Singapore cấp ngày 04/7/2002, ngành nghề hoạt động kinh doanh: sản xuất hàng may mặc. Theo giấy phép đầu tư Công ty được hưởng ưu đãi thuế TNDN với thuế suất 10% suốt dự án, miễn 4 năm và giảm 50% trong 4 năm tiếp theo với điều kiện toàn bộ sản phẩm để xuất khẩu (DN chế xuất).

Thực tế Công ty bắt đầu hoạt động sản xuất kinh doanh phát sinh doanh thu từ năm 2002, từ năm 2002-2003 (sản xuất kinh doanh lỗ), năm 2004 là năm miễn thuế thứ nhất (áp dụng thuế suất thuế TNDN 10%), đã được Cục thuế kiểm tra thuế đến năm 2012. Công ty đã được hưởng ưu đãi thuế suất 10% đến năm 2006; được miễn thuế 3 năm (2004-2006).

Từ năm 2007 thực hiện theo cam kết WTO đối với hoạt động dệt may, Công ty đã ngừng áp dụng ưu đãi theo giấy phép đầu tư, chuyển đổi hưởng ưu đãi theo điều kiện đáp ứng tại Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14/02/2007 của Chính phủ. Hiện nay, nếu thực hiện chuyển đổi theo quy định tại Thông tư số 151/2014/TT-BTC nêu trên có lợi hơn thì Công ty được phép lựa chọn chuyển đổi lại theo hướng dẫn này. Cụ thể:

Trường hợp Công ty vẫn đáp ứng điều kiện doanh nghiệp sản xuất trong khu công nghiệp thì Công ty có thể lựa chọn lại ưu đãi miễn thuế, giảm thuế theo Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003, Nghị định số 152/2004/NĐ-CP ngày 06/08/2004 của Chính phủ với mức ưu đãi thuế TNDN: miễn 3 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 7 năm tiếp theo và ưu đãi về thuế suất theo Nghị định số 24/2000/NĐ-CP và Nghị định số 27/2003/NĐ-CP của Chính phủ: áp dụng thuế suất 15% suốt dự án.

Thực tế, Công ty đã miễn thuế 3 năm (2004-2006) nên Công ty còn được giảm 50% số thuế TNDN phải nộp trong 7 năm tiếp theo (2007-2013), áp dụng thuế suất thuế TNDN 15% suốt dự án cho thời gian còn lại nếu lựa chọn theo phương án nêu trên.

Trong thời gian từ năm 2007 đến năm 2012 Công ty đã được thanh tra, kiểm tra về thuế TNDN nếu bị xử lý vi phạm pháp luật về thuế, tính tiền chậm nộp và Công ty đã thực hiện nộp tiền phạt và tiền chậm nộp thì không thực hiện điều chỉnh lại số tiền phạt và tiền chậm nộp Công ty đã nộp vào ngân sách nhà nước.

Trường hợp về sau Tổng cục Thuế có hướng dẫn khác với hướng dẫn tại công văn này, đề nghị Công ty thực hiện theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế.