Tổng cục Thuế dẫn chứng, Khoản 2 Điều 74 Luật Đất đai số 45/2013/QH13 ngày 29/11/2013 của Quốc Hội quy định nguyên tắc bồi thường về đất khi Nhà nước thu hồi đất. Theo đó, việc bồi thường được thực hiện bằng việc giao đất có cùng mục đích sử dụng với loại đất thu hồi, nếu không có đất để bồi thường thì được bồi thường bằng tiền theo giá đất cụ thể của loại đất thu hồi do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định tại thời điểm quyết định thu hồi đất.

Bên cạnh đó, Khoản 1, 2 Điều 32 Nghị định số 47/2014/NĐ-CP ngày của Chính phủ quy định kinh phí thực hiện bồi thường, hỗ trợ, tái định cư. Trong đó, kinh phí bồi thường, hỗ trợ, tái định cư gồm: Tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư đối với đất thu hồi để thực hiện dự án đầu tư, chi phí bảo đảm cho việc tổ chức thực hiện bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và các khoản chi phí khác.

Việc xác định tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư phải theo phương án bồi thường, hỗ trợ, tái định cư đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

Kinh phí bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất để thực hiện các dự án được quy định như sau: Kinh phí thực hiện bồi thường, hỗ trợ, tái định cư được tính vào kinh phí thực hiện dự án đầu tư; Bộ, ngành có trách nhiệm bảo đảm kinh phí bồi thường, hỗ trợ, tái định cư đối với các dự án đầu tư thuộc thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư của Quốc hội; chấp thuận, quyết định đầu tư của Thủ tướng Chính phủ nhưng do Bộ, ngành thực hiện và các dự án do Bộ, ngành làm chủ đầu tư;  Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có trách nhiệm bảo đảm kinh phí bồi thường, hỗ trợ, tái định cư đối với các dự án thuộc thẩm quyền quyết định của Hội đồng nhân dân cấp tỉnh.

Đặc biệt, trường hợp chủ đầu tư tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư thì có trách nhiệm bảo đảm kinh phí thực hiện các dự án không thuộc những trường hợp nêu trên.

Khoản 2, 3 Điều 33 Nghị định số 47/2014/NĐ-CP của Chính phủ đã quy định trách nhiệm tổ chức thực hiện bồi thường, hỗ trợ, tái định cư của các cơ quan, đơn vị ở Trung ương và Ủy ban nhân dân cấp tỉnh. Theo đó, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có trách nhiệm chỉ đạo tổ chức thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ, tái định cư theo quy định tại Nghị định này. Trước ngày 01/12 hàng năm, báo cáo Bộ Tài nguyên và Môi trường về tình hình và kết quả thực hiện thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ, tái định cư tại địa phương.

Bộ Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm chỉ đạo, tổ chức, hướng dẫn, kiểm tra, thanh tra việc thực hiện việc bồi thường, hỗ trợ, tái định cư theo quy định tại Nghị định này và giải quyết các vướng mắc phát sinh theo đề nghị của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh.

Khoản 5 Điều 2 Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15/08/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn các khoản thu nhập chịu thuế, trong đó có thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản. Thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản là khoản thu nhập nhận được từ việc chuyển nhượng bất động sản bao gồm:  Thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất; Thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất và tài sản gắn liền với đất; Các khoản thu nhập khác nhận được từ chuyển nhượng bất động sản dưới mọi hình thức.

Đồng thời, Khoản 3 Điều 12 Thông tư số 92/2015/TT-BTC ngày 15/6/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn sửa đổi, bổ sung Điều 3 Thông tư số 111/2013/TT-BTC về hướng dẫn các khoản thu nhập được miễn thuế. Trong đó, thu nhập từ bồi thường, hỗ trợ theo quy định của pháp luật về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư là tiền bồi thường, hỗ trợ do Nhà nước thu hồi đất, kể cả các khoản thu nhập do các tổ chức kinh tế bồi thường, hỗ trợ khi thực hiện thu hồi đất theo quy định.

Căn cứ để xác định thu nhập từ bồi thường, hỗ trợ theo quy định của pháp luật về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư là quyết định của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền về việc thu hồi đất, bồi thường tái định cư và chứng từ chi tiền bồi thường.

Tổng cục Thuế hướng dẫn, căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty tự thỏa thuận bồi thường về đất cho hộ gia đình, cá nhân theo hình thức Hợp đồng chuyển nhượng, Hợp đồng thỏa thuận bồi thường không được phê duyệt của cơ quan nhà nước cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật thì khoản thu nhập của hộ gia đình, cá nhân nhận được là các khoản bồi thường, hỗ trợ về đất của các Công ty không thuộc đối tượng được miễn thuế TNCN.

Để tránh phát sinh vướng mắc, đảm bảo tính toàn diện và đối chiếu các quy định về đối tượng, điều kiện được miễn thuế TNCN theo quy định pháp luật về thuế TNCN để giải quyết vụ việc, Tổng cục Thuế đề nghị Cục Thuế tỉnh Quảng Bình kiểm tra hồ sơ cụ thể để xác định nghĩa vụ thuế TNCN của cá nhân, hộ gia đình đúng theo quy định.