Theo Quyết định số 884/QĐ-TTg, Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính là Trưởng ban Chỉ đạo; Phó Trưởng ban là Phó Thủ tướng Chính phủ Lê Văn Thành, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Nguyễn Văn Thể.

Các Ủy viên Ban Chỉ đạo gồm: Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Trần Văn Sơn, Bộ trưởng Bộ Xây dựng Nguyễn Thanh Nghị, Chủ tịch Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp Nguyễn Hoàng Anh, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng Thượng tướng Vũ Hải Sản, Thứ trưởng Bộ Công an Thượng tướng Lương Tam Quang, Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Trần Hồng Hà, Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải Lê Đình Thọ, Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải Lê Anh Tuấn, Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải Nguyễn Duy Lâm, Thứ trưởng Bộ Xây dựng Lê Quang Hùng, Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Thị Bích Ngọc, Thứ trưởng Bộ Tài chính Tạ Anh Tuấn, Thứ trưởng Bộ Công Thương Nguyễn Sinh Nhật Tân, Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Lê Quốc Doanh, Phó Tổng Thanh tra Chính phủ Lê Sỹ Bảy, Phó Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam Đào Minh Tú, Phó Tổng Kiểm toán Nhà nước Vũ Văn Họa, Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Nguyễn Cao Lục, Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố có dự án đi qua.

Theo Quyết định số 884/QĐ-TTg, Ban Chỉ đạo Nhà nước các công trình, dự án quan trọng quốc gia, trọng điểm ngành Giao thông vận tải được thành lập để giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo triển khai thực hiện các công trình, dự án quan trọng quốc gia, trọng điểm.

Cụ thể, Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành để đẩy nhanh tiến độ các dự án.

Bên cạnh đó, giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, kiểm tra, điều hòa phối hợp và đôn đốc các bộ, ngành, địa phương liên quan thực hiện các nhiệm vụ về đầu tư xây dựng các dự án nêu trên theo đúng các Nghị quyết của Quốc hội và Chính phủ đối với các dự án; giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo việc triển khai thực hiện các dự án theo quy định.

Đồng thời, chỉ đạo các bộ, ngành, địa phương liên quan tổ chức thực hiện kế hoạch triển khai thực hiện các dự án theo chức năng, nhiệm vụ được giao; phối hợp chặt chẽ, có hiệu quả trong tham mưu, đề xuất các giải pháp, biện pháp thực hiện các Dự án; kịp thời báo cáo những khó khăn, vướng mắc vượt thẩm quyền và đề xuất các giải pháp để Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định; Chỉ đạo, kiểm tra, đôn đốc chủ đầu tư công trình, dự án, các tổ chức tư vấn, các nhà thầu trong việc thực hiện những nhiệm vụ đã được xác định trong chủ trương đầu tư các dự án hoặc quyết định phê duyệt của từng dự án thành phần để đảm bảo tiến độ thi công và chất lượng công trình...

Bộ Giao thông vận tải là cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo; sử dụng bộ máy của mình để thực hiện nhiệm vụ giúp việc Ban Chỉ đạo, xây dựng Quy chế hoạt động của Ban Chỉ đạo trình Trưởng ban ký ban hành; xây dựng kế hoạch, chương trình công tác, tổng hợp nội dung và dự thảo kết luận cho các kỳ họp của Ban Chỉ đạo.