Tại Quyết định số 790/QĐ-TTg, Thủ tướng Chính phủ phân công Phó Thủ tướng Lê Minh Khái làm Trưởng Ban chỉ đạo. Các Phó Trưởng Ban gồm: Phó Trưởng Ban Thường trực - Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Chí Dũng; Thứ trưởng Bộ Tài chính Võ Thành Hưng; Phó Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam Phạm Thanh Hà.

Ủy viên Ban chỉ đạo gồm các thành viên: Thứ trưởng Bộ Công an - Thượng tướng Lương Tam Quang; Thứ trưởng Bộ Quốc phòng - Thượng tướng Vũ Hải Sản; Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Mai Thị Thu Vân; Thứ trưởng Bộ Y tế Trần Văn Thuấn; Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Nguyễn Hoàng Hiệp; Thứ trưởng Bộ Thông tin và Truyền thông Phạm Anh Tuấn; Thứ trưởng Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội Nguyễn Văn Hồi; Thứ trưởng Bộ Công Thương Nguyễn Sinh Nhật Tân; Thứ trưởng Bộ Xây dựng Nguyễn Văn Sinh; Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo Phạm Ngọc Thưởng; Thứ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ Lê Xuân Định; Thứ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch Đoàn Văn Việt; Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Trần Quý Kiên; Phó Tổng Thanh tra Chính phủ Trần Ngọc Liêm; Ủy viên Thường trực, Ủy ban Tài chính, Ngân sách của Quốc hội Lê Hoàng Anh; Vụ trưởng Vụ Kế hoạch - Đầu tư, Bộ Giao thông vận tải Nguyễn Danh Huy; Tổng giám đốc Ngân hàng Chính sách xã hội Dương Quyết Thắng.

Trưởng Ban chỉ đạo có trách nhiệm ban hành Quy chế hoạt động, phân công trách nhiệm cụ thể đối với các thành viên Ban chỉ đạo. Các cơ quan có thành viên tham gia Ban chỉ đạo sử dụng bộ máy hiện có của mình (phân công cơ quan, đơn vị thuộc phạm vi quản lý làm đầu mối) để giúp việc cho thành viên Ban chỉ đạo trong việc thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn được giao theo phân công của Trưởng Ban chỉ đạo.

Ban chỉ đạo có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành liên quan đến việc triển khai thực hiện Chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội theo Nghị quyết số 11/NQ-CP.

Giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và địa phương trong việc giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành liên quan đến việc thực hiện Chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội theo Nghị quyết số 11/NQ-CP; Giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và địa phương trong việc thực hiện những vấn đề quan trọng, liên ngành liên quan đến việc triển khai thực hiện Chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội theo Nghị quyết số 11/NQ-CP.

Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực Ban chỉ đạo, có trách nhiệm bảo đảm các điều kiện hoạt động của Ban chỉ đạo, sử dụng bộ máy của mình để thực hiện các nhiệm vụ của Ban chỉ đạo theo chỉ đạo của Trưởng Ban chỉ đạo. Ban chỉ đạo có trách nhiệm báo cáo Thủ tướng Chính phủ về tình hình hoạt động của Ban chỉ đạo định kỳ hằng tháng, quý, 06 tháng, cả năm hoặc đột xuất theo yêu cầu của Thủ tướng Chính phủ.