Theo Cục Hải quan Hà Nội, trong công tác quản lý nguồn thông tin để thu thập, phân tích và đánh giá DN từ hệ thống cơ sở dữ liệu hải quan, không phải tất cả các công chức được phân công thực hiện đều được phân quyền sử dụng hết các hệ thống. Nếu chỉ một công chức được phân quyền sẽ khó thực hiện do phải theo dõi rất nhiều DN XNK loại hình gia công, sản xuất XK.

Hiện tại theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC, DN được lựa chọn làm thủ tục NK tại một Chi cục Hải quan. Nhưng hiện nay, hệ thống tự động tiếp nhận tờ khai, do đó DN đăng ký tại đâu Chi cục Hải quan không thể kiểm tra được. Cục Hải quan Hà Nội đề nghị cần có biện pháp quản lý từ hệ thống và thông báo lại cho các địa phương để kiểm tra và hướng dẫn DN thực hiện. Phụ lục 5 Thông tư 38/2015/TT-BTC cũng chưa có mục DN phải kê khai nơi lưu giữ nguyên vật liệu, sản phẩm XK. Điều này gây tranh chấp, khó khăn khi kiểm tra tình hình sử dụng, tồn kho nguyên liệu, vật tư và hàng hóa XK (nếu DN có kho nằm ngoài khu vực cơ sở sản xuất).

Trường hợp DN lần đầu tiên thực hiện loại hình gia công, nhập nguyên vật liệu, máy móc, thiết bị, phải thông báo cơ sở sản xuất. Như vậy, khi kiểm tra cơ sở sản xuất nhưng do chưa được NK máy móc, thiết bị thuê, mượn nên không có máy móc, thiết bị thì Hải quan địa phương sẽ kết luận việc kiểm tra cơ sở sản xuất như thế nào? Đối với các trường hợp máy móc thiết bị do bên thuê gia công cho mượn Hải quan Hà Nội đề nghị sau khi DN thông báo cơ sở sản xuất, chỉ kiểm tra và kết luận về nhà xưởng và nhân lực… còn đối với máy móc thiết bị sẽ được theo dõi trong quá trình làm thủ tục cho DN.

Đối với trường hợp DN đã nộp hồ sơ quyết toán hợp đồng gia công theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC. Nếu DN nộp báo cáo quyết toán lần đầu (lần đầu thực hiện gia công) phải kiểm tra báo cáo quyết toán theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC, nhưng DN chỉ thực hiện một hợp đồng và không có hoạt động XNK và đề nghị được kiểm tra báo cáo quyết toán luôn, không đợi đến hết năm tài chính. Theo quan điểm của Cục Hải quan Hà Nội, nếu DN đề nghị thì nên thực hiện kiểm tra báo cáo quyết toán luôn, tránh tình trạng dồn vào cuối năm.

Theo quy định tại khoản 2 Điều 59 Thông tư 38/2015/TT-BTC, cơ quan Hải quan kiểm tra tình hình sử dụng, tồn kho nguyên vật liệu, báo cáo quyết toán tại trụ sở DN nhiều nội dung: Kiểm tra hồ sơ hải quan, hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế, báo cáo quyết toán, chứng từ kế toán, sổ kế toán, chứng từ theo dõi nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhập kho, xuất kho và các chứng từ khác; kiểm tra định mức thực tế sản phẩm XK và các chứng từ kiên quan đến việc xây dựng định mức; kiểm tra tính phù hợp của sản phẩm XK với nguyên liệu, vật tư đã NK. Với thời gian 5 ngày làm việc, gia hạn không quá 5 ngày, đối với các DN có khối lượng hàng lớn, nhiều sản phẩm XK, thời hạn kiểm tra như vậy sẽ rất khó có kết quả chính xác được.

Hiện nay, các trường hợp kiểm tra báo cáo quyết toán… kiểm tra sau khi quyết định hoàn thuế, không thu thuế tại trụ sở người nộp thuế. Như vậy, cơ quan Hải quan thực hiện sẽ hiểu các trường hợp kiểm tra trước, hoàn thuế sau đều kiểm tra báo cáo quyết toán. Do DN thực hiện hoàn thuế trong năm tài chính, cơ quan Hải quan đã kiểm tra việc hoàn thuế (tại trụ sở DN hoặc cơ quan Hải quan), vì vậy khi hết năm tài chính, DN nộp báo cáo quyết toán lại thuộc đối tượng kiểm tra. Việc kiểm tra như vậy sẽ kéo dài, liên tiếp, nhiều nội dung kiểm tra trùng nhau. Do vậy, Cục Hải quan Hà Nội cho rằng, do đã kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi ban hành quyết định hoàn thuế nếu không có dấu hiệu vi phạm, DN được đánh giá chấp hành tốt pháp luật hải quan thì không kiểm tra.

DN cũng đặt câu hỏi, các tờ khai NK, XK đăng ký năm 2012, 2013 đã hoàn thuế theo Thông tư 38/2015/TT-BTC trong năm 2015 thì DN có phải đưa vào báo cáo quyết toàn năm 2015 không? Theo Cục Hải quan Hà Nội, các trường hợp không thanh khoản mà thực hiện hoàn thuế, không thu thuế theo Thông tư 38/2015/TT-BTC đều phải đưa vào báo cáo quyết toán, kể cả tờ khai NK có thuế và không thuế, tờ khai XK đăng ký trước năm 2015.

Liên quan đến việc xác định số thuế phải nộp đối với hợp đồng gia công, tờ khai nhập SXXK tồn đọng, Cục Hải quan Hà Nội còn nhiều hợp đồng gia công, tờ khai SXXK khó có khả năng truy thu thuế. Lý do chủ yếu là các DN đã giải thể, phá sản, không tìm thấy địa chỉ hoặc bị khởi tổ. Các chứng từ hồ sơ không có để đối chiếu khi quyết toán thanh khoản.