Theo dự thảo, nguồn kinh phí thực hiện Đề án này sẽ từ nguồn ngân sách nhà nước (ngân sách chi sự nghiệp giáo dục - đào tạo và dạy nghề) theo phân cấp quản lý của Luật Ngân sách nhà nước để thực hiện nhiệm vụ hỗ trợ kinh phí cho người học (gồm học bổng, học phí và các chi phí cho học viên được đào tạo trình độ tiến sĩ, thạc sĩ) theo đúng đối tượng được cử đi đào tạo trong khuôn khổ chỉ tiêu đào tạo được cơ quan có thẩm quyền giao và mức chi đào tạo quy định tại dự thảo Thông tư này.

Các cơ sở đào tạo có trách nhiệm tự bảo đảm từ nguồn tài chính hợp pháp để thực hiện các nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng nâng cao năng lực của giảng viên và cán bộ quản lý bồi dưỡng về ngoại ngữ (nếu có) cho người học trước khi nhập học các chương trình đào tạo tiến sĩ, thạc sĩ chính thức; thu hút các nhà khoa học và người có trình độ tiến sĩ tham gia triển khai các hoạt động trong khuôn khổ Đề án theo chức năng, nhiệm vụ của đơn vị.

Bộ Tài chính cũng quy định, nguồn tài trợ, hỗ trợ, huy động hợp pháp từ các tổ chức, cá nhân theo quy định, nội dung và mức chi được thực hiện theo các quy định hiện hành đối với từng loại nguồn vốn, khuyến khích các đơn vị thực hiện theo quy định.

Dự thảo cũng quy định việc hỗ trợ đối với phương thức đào tạo toàn thời gian ở nước ngoài trình độ tiến sĩ và thạc sĩ. Theo đó, học phí và các khoản có liên quan đến học phí sẽ thực hiện thanh toán theo hợp đồng ký kết giữa Bộ Giáo dục và Đào tạo với cơ sở đào tạo, bồi dưỡng ở nước ngoài hoặc theo mức do cơ sở đào tạo, bồi dưỡng ở nước ngoài thông báo trong giấy báo tiếp nhận học viên (chi bằng đồng đôla Mỹ hoặc bằng đồng tiền của nước sở tại); tối đa không quá 25.000 USD/người học hoặc tương đương với đồng tiền của nước sở tại cho một năm học. Trường hợp mức học phí cao hơn mức 25.000 USD/người học/năm thì mức chênh lệch học phí cao hơn do người học tự chi trả.

Đối với nội dung hỗ trợ với phương thức đào tạo tiến sĩ tập trung toàn thời gian ở trong nước, dự thảo nêu rõ học phí nộp cho các cơ sở đào tạo sẽ thực hiện thanh toán theo mức quy định của cơ sở đào tạo, tối đa không vượt quá khung học phí quy định tại Nghị định số 81/2021/NĐ-CP của Chính phủ quy định về cơ chế thu, quản lý học phí đối với cơ sở giáo dục thuộc hệ thống giáo dục quốc dân và chính sách miễn, giảm học phí, hỗ trợ chi phí học tập; giá dịch vụ trong lĩnh vực giáo dục, đào tạo.