Thông tư nêu rõ, trong quá trình hoạt động, ngoài những quy định của nhà nước về đầu tư thành lập doanh nghiệp, quy định chung về khuyến khích và hỗ trợ đầu tư theo quy định của pháp luật, doanh nghiệp quốc phòng, an ninh còn được hưởng một số chính sách hỗ trợ tài chính khác.

Theo đó, doanh nghiệp quốc phòng, an ninh được miễn, giảm tiền thuê đất, tiền sử dụng đất và thuế sử dụng đất đối với diện tích đất được giao quản lý và sử dụng phục vụ nhiệm vụ quốc phòng, an ninh theo quy định tại Luật Đất đai và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Bên cạnh đó, các doanh nghiệp này cũng được hạch toán một số khoản chi phí đặc thù vào chi phí sản xuất kinh doanh và được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp (trường hợp không được ngân sách nhà nước hỗ trợ hoặc có hỗ trợ nhưng không đủ).

Các chi phí này bao gồm: Chi phí trả lương, đóng bảo hiểm xã hội cho người lao động trong thời gian chuẩn bị nghỉ hưu; Chi bảo đảm quân trang cho sỹ quan, quân nhân chuyên nghiệp, công nhân, viên chức quốc phòng, hạ sỹ quan, công nhân công an. Mức chi theo quy định của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an; Thanh toán các khoản chi ra quân, xuất ngũ, phục viên, thôi việc theo chế độ hiện hành; Chi cho công tác quốc phòng, an ninh công tác phục vụ quốc phòng, an ninh, quan hệ quân dân bao gồm chi hỗ trợ cho công tác chính sách xã hội, công tác tuyên truyền vận động quần chúng.

Thông tư cũng nêu rõ, doanh nghiệp quốc phòng, an ninh được nhà nước cấp kinh phí cho việc duy trì, bảo dưỡng, sửa chữa vận hành các dây chuyền sản xuất quốc phòng, an ninh và hỗ trợ lương cho người lao động trong biên chế thuộc các dây chuyền sản xuất sản phẩm trực tiếp phục vụ quốc phòng, an ninh trong trường hợp tạm ngừng sản xuất mà không có khả năng tự bù đắp chi phí.

Trong trường hợp số lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích quỹ đầu tư phát triển của các doanh nghiệp này không đủ nguồn để trích lập 02 quỹ khen thưởng, phúc lợi theo mức quy định, phần trích quỹ còn thiếu sẽ được nhà nước hỗ trợ với mức tối đa không vượt quá 2 tháng lương thực hiện trong năm, không bao gồm tiền lương cho thời gian tạm ngừng sản xuất.

Theo Thông tư, các doanh nghiệp này còn được Nhà nước hỗ trợ kinh phí nhà trẻ, giáo dục tại địa bàn chưa có trường lớp theo hệ thống giáo dục công lập được Sở Giáo dục và Đào tạo địa phương nơi doanh nghiệp quốc phòng, an ninh đóng trụ sở xác nhận.

Theo đó, hỗ trợ kinh phí đầu tư ban đầu cho việc xây dựng trường lớp, mua sắm trang bị bàn, ghế và đồ dùng dạy học không quá 200.000.000 đồng/lớp (đối với cơ sở chưa được đầu tư trang bị). Trường hợp trường lớp, đồ dùng dạy học đã hư hỏng cần được sửa chữa và bổ sung thì mức hỗ trợ không quá 30.000.000 đồng/lớp/năm.

Hỗ trợ kinh phí đảm bảo tiền lương, bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế và các chế độ quy định khác cho giáo viên, cô nuôi dạy trẻ theo quy định hiện hành của nhà nước đối với địa bàn doanh nghiệp đang hoạt động (bao gồm cả giáo viên, cô nuôi dạy trẻ hoạt động tại các Đội sản xuất theo quy định hiện hành của nhà nước tại các địa bàn vùng sâu, vùng xa).

Ngoài ra, doanh nghiệp quốc phòng, an ninh cũng được hỗ trợ kinh phí y tế đối với những nơi do điều kiện đặc biệt phải duy trì bệnh xá và được Bộ Quốc phòng, Bộ Công an phê duyệt. Kinh phí hỗ trợ để đầu tư, trang bị vật chất lần đầu với mức tối đa không quá 300.000.000 đồng/ 1 bệnh xá dưới 10 giường bệnh; 400.000.000 đồng/ 1 bệnh xá có từ 10 đến dưới 20 giường bệnh và 500.000.000 đồng /1 bệnh xá từ 20 giường bệnh trở lên.

Kinh phí chi thường xuyên đối với bệnh xá đang hoạt động được hỗ trợ nhằm đảm bảo tiền lương, bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế theo ngạch bậc và các khoản phụ cấp cho đội ngũ nhân viên y tế, căn cứ vào số thực chi của năm trước của đơn vị để xác định mức đảm bảo cho năm sau (bao gồm cả nhân viên y tế hoạt động tại các Đội sản xuất theo quy định hiện hành của nhà nước tại các địa bàn vùng sâu, vùng xa).

Hỗ trợ kinh phí mua thuốc khám chữa bệnh cho dân đối với đơn vị đóng quân tại địa bàn hiểm trở cách xa trung tâm y tế huyện theo mức chi thực tế nhưng tối đa không quá 70.000.000 đồng/năm đối với Bệnh xá dưới 10 giường bệnh, 80.000.000 đồng/năm đối với Bệnh xá có từ 10 đến dưới 20 giường bệnh, 100.000.000 đồng/năm đối với Bệnh xá từ 20 giường bệnh trở lên.

Thông tư hướng dẫn, kinh phí chi thường xuyên đối với bệnh xá mới thành lập sẽ được mức hỗ trợ căn cứ vào dự toán chi thường xuyên cho hoạt động y tế của doanh nghiệp được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt.