Theo đó, Bộ Tài chính đề xuất sửa đổi tên tổ chức thu phí, lệ phí tại 06 thông tư thu phí, lệ phí bao gồm: Thông tư số 186/2016/TT-BTC ngày 08/11/2016 của Bộ Tài chính quy định về phí thẩm định hồ sơ cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen; Thông tư số 190/2016/TT-BTC ngày 08/11/2016 của Bộ Tài chính quy định về phí khai thác và sử dụng tài liệu địa chất, khoáng sản; Thông tư số 191/2016/TT-BTC ngày 08/11/2016 của Bộ Tài chính quy định về phí thẩm định đánh giá trữ lượng khoáng sản và lệ phí cấp giấy phép hoạt động khoáng sản; Thông tư số 79/2018/TT-BTC ngày 22/8/2018 của Bộ Tài chính quy định về phí thẩm định cấp giấy phép hoặc văn bản chấp thuận cho tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành nghiên cứu khoa học trong vùng biển Việt Nam; Thông tư số 105/2018/TT-BTC ngày 15/11/2018 của Bộ Tài chính quy định về lệ phí cấp giấy phép nhận chìm ở biển; Thông tư số 22/2020/TT-BTC ngày 10/4/2020 của Bộ Tài chính quy định về phí khai thác và sử dụng dữ liệu về môi trường.

Theo Bộ Tài chính, đến nay, Chính phủ ban hành một số Nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ của các Bộ, trong đó, tổ chức lại một số đơn vị trực thuộc các Bộ (theo quy định tại Nghị định số 68/2022/NĐ-CP thì tổ chức lại Tổng cục Môi trường, Tổng cục Địa chất - Khoáng sản, Tổng cục Biển và Hải đảo). Do đó, cần sửa đổi tên tổ chức thu phí, lệ phí tại 06 thông tư quy định thu phí, lệ phí trong lĩnh vực tài nguyên môi trường.

Để đảm bảo đồng bộ với pháp luật chuyên ngành và không phải sửa đổi Thông tư thu phí, lệ phí (chỉ sửa tên tổ chức thu phí, lệ phí) khi các Bộ giao nhiệm vụ thu phí, lệ phí cho các cơ quan, đơn vị trực thuộc, Bộ Tài chính sửa đổi về tổ chức thu phí, lệ phí như sau: Tại Thông tư thu phí quy định tổ chức thu phí theo hướng căn cứ quy định pháp luật chuyên ngành (Luật, Nghị định) về cung cấp dịch vụ.

Trong đó, trường hợp pháp luật chuyên ngành quy định cụ thể tên đơn vị (Cục, Tổng cục) trực thuộc các Bộ thực hiện cung cấp dịch vụ công thì Thông tư thu phí, lệ phí quy định cụ thể tên các đơn vị (Cục, Tổng cục) là tổ chức thu phí, lệ phí.

Trường hợp pháp luật chuyên ngành chỉ quy định các Bộ thực hiện cung cấp dịch vụ công thì Thông tư thu phí, lệ phí quy định Bộ hoặc cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Bộ được giao thực hiện dịch vụ công theo quy định pháp luật là tổ chức thu phí, lệ phí.

Tại 06 thông tư, pháp luật chuyên ngành chỉ quy định Bộ Tài nguyên và Môi trường thực hiện cung cấp dịch vụ công. Do đó, quy định về tổ chức thu phí, lệ phí theo trường hợp 02 nêu trên.

Đối với quy định về quản lý và sử dụng phí, phương án sửa đổi về tổ chức thu phí căn cứ quy định pháp luật chuyên ngành (Luật, Nghị định) về cung cấp dịch vụ, không quy định cụ thể tên đơn vị (Tổng cục, Cục...) như trước đây. Như vậy, phát sinh trường hợp các Bộ có thể giao đơn vị trực thuộc là cơ quan hành chính hoặc đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện cung cấp dịch vụ, thu phí.

Vì vậy, Bộ Tài chính đề xuất cần sửa đổi về quản lý và sử dụng phí đồng bộ theo hướng quy định 02 khoản cho 02 trường hợp: Tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước; Tổ chức thu phí là đơn vị sự nghiệp công lập.

Ngoài ra, Bộ Tài chính cũng đề xuất sửa đổi quy định về hình thức thu, nộp, kê khai phí, lệ phí tại 06 Thông tư theo hướng dẫn chiếu thực hiện theo quy định tại Thông tư số 74/2022/TT-BTC. Đồng thời, sửa đổi về tổ chức thực hiện theo hướng trích dẫn quy định in, phát hành chứng từ thu phí, lệ phí thực hiện theo Nghị định số 123/2020/NĐ-CP và Thông tư số 78/2021/TT-BTC.

Để có cơ sở điều chỉnh tỷ lệ để lại tiền phí cho tổ chức thu phí phù hợp, Bộ Tài chính đề nghị Bộ Tài nguyên và Môi trường cung cấp số liệu thu, chi tiền phí từ năm 2017 đến năm 2022 và dự toán thu, chi tiền phí năm 2023.