Theo Báo cáo định hướng Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), Luật Thuế thu nhập cá nhân và Luật Thuế tài nguyên của Bộ Tài chính, từ 01/01/2014, khoản 7 Điều 1 Luật số 32/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế TNDN đã bổ sung quy định ưu đãi về thuế suất đối với tổ chức tài chính vi mô: “Áp dụng thuế suất 20% đối với thu nhập của Quỹ tín dụng nhân dân và tổ chức tài chính vi mô. Từ ngày 01/01/2016, thu nhập của Quỹ tín dụng nhân dân và tổ chức tài chính vi mô được áp dụng thuế suất 17%”.

Căn cứ Quyết định số 2195/QĐ-TTg ngày 06/12/2011 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Đề án xây dựng và phát triển hệ thống tài chính vi mô tại Việt Nam đến năm 2020 và ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài chính đã ban hành một số văn bản hướng dẫn thí điểm cho tổ chức tài chính vi mô được được áp dụng thuế suất ưu đãi 20%, từ 01/01/2016 áp dụng thuế suất ưu đãi 17%; miễn thuế TNDN trong 2 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo (Thông tư số 116/2012/TT-BTC ngày 18/7/2012, Thông tư số 135/2013/TT-BTC ngày 27/9/2013 hướng dẫn áp dụng thí điểm đối với các tổ chức tài chính vi mô…).

Hiện nay mới chỉ có 04 tổ chức tài chính vi mô được Ngân hàng Nhà nước Việt Nam cấp phép, trong đó có 03 tổ chức (Tổ chức Tài chính quy mô nhỏ TNHH MTV Tình Thương, Tổ chức tài chính vi mô TNHH M7 và Tổ chức tài chính vi mô Thanh Hóa MFI) được hưởng chính sách ưu đãi này và Bộ Tài chính cũng đang trình Thủ tướng Chính phủ cho phép Tổ chức tài chính vi mô CEP cũng được hưởng chính sách ưu đãi thí điểm nêu trên.

Theo quy định của Luật Đầu tư năm 2014 (Khoản 1 Điều 15, Khoản 1 Điều 16) thì tổ chức tài chính vi mô là đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư, cụ thể là được hưởng chính sách ưu đãi về thuế TNDN. Tuy nhiên, ưu đãi về mức thuế suất thuế TNDN theo quy định của pháp luật thuế hiện hành chưa đủ khuyến khích hoạt động tài chính vi mô.

Thực hiện chủ trương hạn chế tối đa việc ban hành các chính sách mới làm giảm thu ngân sách tại các Nghị quyết số 25/2016/QH14 ngày 9/11/2016 của Quốc hội về kế hoạch tài chính 5 năm quốc gia giai đoạn 2016 – 2020, Nghị quyết số 07-NQ/TW ngày 18/11/2016 của Bộ Chính trị về chủ trương, giải pháp cơ cấu lại ngân sách nhà nước, quản lý nợ công để bảo đảm nền tài chính quốc gia an toàn, bền vững, để tránh ưu đãi tràn lan, Bộ Tài chính đề xuất cho bổ sung ưu đãi miễn, giảm thuế đối với tổ chức tài chính vi mô nhưng chỉ áp dụng đối với tổ chức tài chính vi mô hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận.

Cụ thể, tổ chức tài chính vi mô hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận theo quy định của pháp luật được miễn thuế TNDN trong 2 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với phần thu nhập có được từ việc thực hiện hoạt động tài chính vi mô.