Tờ trình số 245/TTr-CP của Chính phủ nêu rõ, theo quy định tại Nghị quyết số 1094/NQ-UBTVQH13, kinh phí đảm bảo hoạt động của Tổng cục Thuế theo mức ổn định là 1,8% trên dự toán thu ngân sách nhà nước (NSNN) được Quốc hội giao hằng năm. Tổng nguồn kinh phí được sử dụng năm 2017 của Tổng cục Thuế tương đương 1,62% dự toán thu NSNN giao Tổng cục thực hiện, trong phạm vi chế độ quy định và khoản chưa sử dụng hết được chuyển nguồn sang năm 2018 theo chế độ. 

Trong tổ chức thực hiện, Chính phủ đã chỉ đạo Bộ Tài chính quản lý, sử dụng dự toán chi NSNN năm 2017 được giao cho Tổng cục Thuế đúng chế độ, đảm bảo chặt chẽ, tiết kiệm. Đồng thời, triển khai chủ trương của Đảng về tiếp tục đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị, tinh gọn, hoạt động hiệu lực và hiệu quả, Bộ Tài chính đã tạm dừng sửa chữa, cải tạo trụ sở và mua sắm hiện đại hóa trang thiết bị đối với các chi cục thuế tuyến quận, huyện để rà soát, đánh giá lại, trên cơ sở đó xây dựng Đề án sắp xếp lại hệ thống cơ quan Thuế theo hướng tinh giản, rút gọn đầu mối.

Do vậy, đến hết thời gian chỉnh lý quyết toán năm 2017 kinh phí thực hiện đạt khoảng 88,2% dự toán kinh phí được sử dụng. Trong đó, chi đầu tư xây dựng cơ bản đạt 100% dự toán; Kinh phí thường xuyên và mua sắm hiện đại hóa trang thiết bị đạt 88,2% dự toán. Số kinh phí còn lại được chuyển nguồn sang năm 2018 tiếp tục sử dụng theo chế độ. 

Tiếp tục đến năm 2018, dự toán chi NSNN giao cho Tổng cục Thuế tương đương 1,52% dự toán thu NSNN giao Tổng cục thực hiện, kết hợp với kinh phí được chuyển nguồn từ năm 2017 sang năm 2018. Chính phủ nhận định, tổng nguồn dự toán kinh phí nêu trên cơ bản đáp ứng đủ nhu cầu chi phát sinh năm 2018, cũng như các nhiệm vụ chi năm 2017 được kéo dài thực hiện trong năm 2018 của Tổng cục Thuế; Dự kiến kinh phí thực hiện trong năm 2018 đạt khoảng 93% tổng nguồn được sử dụng, nguồn dư còn lại khoảng 7%.

Tương tự, kinh phí phí đảm bảo hoạt động của Tổng cục Hải quan theo mức ổn định là 2,1% trên dự toán thu NSNN được Quốc hội giao hằng năm. Trong tổng mức kinh phí khoán, tỷ lệ phân bổ cho chi đầu tư xây dựng cơ bản tối thiểu là 10%, chi mua sắm hiện đại hóa trang thiết bị tối thiểu là 25% và chi hoạt động thường xuyên tối đa là 65%. Kinh phí khoán chi của Tổng cục Hải quan đến cuối năm chưa sử dụng hết được chuyển sang năm sau tiếp tục sử dụng cho từng nhóm nội dung cụ thể.

Năm 2017, dự toán chi NSNN giao cho Tổng cục Hải quan tương đương 1,9% dự toán thu NSNN, cùng với kinh phí thuộc dự toán năm 2016 chưa sử dụng hết còn lại được chuyển nguồn sang năm 2017 theo chế độ. Tính đến hết thời gian chỉnh lý quyết toán năm 2017 (ngày 31/01/2018), Tổng cục Hải quan đã thực hiện xấp xỉ 99% nguồn kinh phí được sử dụng, trong đó: Chi đầu tư xây dựng cơ bản đạt 100% dự toán, kinh phí đảm bảo hoạt động đạt 98,8% dự toán. Số kinh phí còn lại được chuyển nguồn sang năm 2018 tiếp tục sử dụng theo chế độ.

Năm 2018, dự toán chi NSNN giao cho Tổng cục Hải quan tương đương 1,91% dự toán thu NSNN giao Tổng cục thực hiện, xấp xỉ mức bố trí dự toán chi năm 2017, cùng với  kinh phí được chuyển nguồn từ năm 2017 sang năm 2018.

Như vậy, mặc dù rất cần đẩy mạnh đầu tư cơ sở vật chất, mua sắm, hiện đại hóa trang thiết bị của Tổng cục Hải quan để đáp ứng yêu cầu mở rộng hội nhập quốc tế, đẩy mạnh thu hút vốn đầu tư nước ngoài, đảm bảo an ninh quốc gia, chống buôn lậu, gian lận thương mại... nhưng việc bố trí kinh phí đảm bảo hoạt động lại chưa đáp ứng được yêu cầu đề ra, nên đã ảnh hưởng đến tiến độ triển khai các nhiệm vụ đã được phê duyệt.

Từ đó, căn cứ quy định tại khoản 2 Điều 52 và khoản 1 Điều 53 Luật NSNN về điều chỉnh dự toán thu, chi NSNN của các bộ, cơ quan trung ương và dự toán đã giao cho các đơn vị sử dụng ngân sách, nhằm khắc phục khó khăn về kinh phí hoạt động cho Tổng cục Hải quan, Chính phủ kiến nghị xem xét, cho phép điều chuyển dự toán kinh phí đảm bảo hoạt động năm 2017 chưa sử dụng được chuyển sang năm 2018 của Tổng cục Thuế, để bổ sung dự toán kinh phí đảm bảo hoạt động năm 2018 cho Tổng cục Hải quan, trong đó, bố trí 223 tỷ đồng chi đầu tư xây dựng cơ bản và 512 tỷ đồng chi cho mua sắm trang thiết bị.

UBTVQH nhất trí với đề xuất này và nguồn kinh phí trên được sử dụng cho các dự án xây dựng cơ bản, mua sắm, hiện đại hóa trang thiết bị và đầu tư ứng dụng công nghệ thông tin theo Đề án đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt cho Tổng cục Hải quan và phải đảm bảo các quy định của Luật NSNN, Luật Đầu tư công.

UBTVQH yêu cầu Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính và các cơ quan liên quan đảm bảo các nguồn kinh phí còn lại (sau khi đã điều chuyển giữa hai Tổng cục) được thực hiện đúng theo quy định của pháp luật; Tổ chức đánh giá, rà soát và đề xuất sửa đổi các tỷ lệ khoán kinh phí đảm bảo hoạt động cho Tổng cục Thuế và Tổng cục Hải quan giai đoạn 2016-2020 quy định tại Nghị quyết số 1094/NQ-UBTVQH13 ngày 18/12/2015 của UBTVQH cho phù hợp với việc tinh giản và sắp xếp lại bộ máy, thực hành tiết kiệm, chống lãng phí để trình UBTVQH quyết định và áp dụng cho các năm 2019, 2020.