Trước hết, doanh nghiệp hay áp đặt các chỉ tiêu đánh giá lượng hóa là KPI. Thực tế cho thấy, áp đặt các chỉ tiêu đánh giá lượng hóa KPI là một trong những khó khăn khi áp dụng KPI lớn nhất và điển hình nhất của hầu hết doanh nghiệp.

Hiện nay, có rất nhiều doanh nghiệp không thể lý giải được cách thiết kế, phương pháp sử dụng chỉ tiêu kết quả và hiệu quả hoạt động nào của doanh nghiệp có thể gắn được với KPI nhưng vẫn mô tả hệ thống chỉ tiêu đánh giá lượng hóa là KPI.

Thậm chí, có rất nhiều chỉ tiêu được gọi là KPI trong khi nó không được sử dụng để đánh giá các chức năng hay mục tiêu quan trọng của từng bộ phận, cá nhân hay doanh nghiệp. Tất cả những điều này khiến số đông các nhà quản lý có thể hiểu sai lệch về bản chất của KPI trong quá trình điều hành doanh nghiệp.

Ngoài ra, một khó khăn khi áp dụng KPI cực lớn mà nhiều doanh nghiệp gặp phải đó là vận hành KPI không gắn với lương thưởng. Các doanh nghiệp này thường bàn giao chỉ tiêu và đánh giá nhân sự mà không tạo ra những tác động có thể tạo ra được sự khác biệt giữa thành tích và khả năng hoàn thành công việc căn bản, giữa kết quả làm việc vượt trội với những kết quả thông thường.

Sự thiếu đồng bộ này sẽ vô tình khiến cho các cá nhân và bộ phận thiếu đi động lực hoàn thành tốt các chỉ tiêu được đưa ra. Điều này sẽ dẫn tới việc các nhân viên và các bộ phận của doanh nghiệp chỉ áp dụng KPI một cách hời hợt.

Bên cạnh đó, doanhh nghiệp giao chỉ tiêu KPI không theo quy chuẩn. Rất nhiều doanh nghiệp gặp khó khăn khi áp dụng KPI bởi họ chỉ coi việc giao chỉ tiêu cho các nhân viên dựa trên bảng phân công công việc của các cấp trên cho các cá nhân, bộ phận mà không chắc chắn về những nguyên tắc phân bổ chức năng của những công việc được giao đó.

Nếu việc giao chỉ tiêu KPI không theo quy chuẩn chức năng thì khi lặp lại một công việc cần thiết phải thực hiện thì chắc chắn sẽ làm lãng phí nguồn lực của các nhân viên.

Do đó, việc chuẩn hoá lại quy chuẩn chức năng cho các chức danh cho các bộ phận và giao chỉ tiêu KPI cho các cá nhân theo chức danh luôn luôn là một điều kiện tiên quyết cần phải đáp ứng đúng, đủ khi triển khai hệ thống KPI.

Ngoài ra, trong việc quản lý, nhiều doanh nghiệp thường coi KPI là "liều thuốc bách bệnh" dẫn đến việc đánh giá cao KPI và xây dựng hệ thống KPI một cách đồng loạt cho tất cả các vị trí trong doanh nghiệp.

Điều này không chỉ gây ra sự lãng phí về thời gian, công sức của cả người quản lý và nhân viên trong việc thiết kế và theo dõi những chỉ tiêu không cần thiết đó. Do đó, doanh nghiệp không cần thiết phải có KPI cho nhiều vị trí và chỉ nên sử dụng một số chỉ tiêu có khả năng vận hành KPI...