Theo đó, tại Khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/04/2016 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung Khoản 1, khoản 2 Điều 13 của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Luật sổ 31/2013/QH13 quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư như sau:

Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nêu có sổ thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có sổ thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT...”

Tại Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 sửa đổi, bổ sung Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính, hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật thuế GTGT, quy định hoàn thuế GTGT đổi với dự án đầu tư như sau:

Đối với quy định hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư được quy định cụ thể như sau:

Một là, cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kê chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, sổ thuế GTGT được kê chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của đự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

Hai là, trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.”Căn cứ các quy định nêu trên, trường họp Công ty điện lực các tỉnh trực thuộc Tổng công ty điện lực Miền Bắc được Tổng công ty điện lực Miền Bắc phân bổ nguồn vốn khấu hao, vốn vay để thực hiện dự án phát triển hệ thống lưới điện phân phối nếu dự án không đáp ứng quy định của pháp luật về đầu tư thì hoạt động này không thuộc trường hợp kê khai, hoàn thuế riêng theo Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính.

Trường hợp công ty điện lực các tỉnh thực hiện các dự án đầu tư phát triển hệ thống lưới điện phân phối, nếu các dự án này đáp ứng quy định của pháp luật về đầu tư thì các Công ty điện lực thực hiện kê khai, hoàn thuế riêng cho dự án đầu tư theo hướng dẫn tại Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính.