Theo công văn trả lời của Tổng cục Thuế, tại Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định về điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

“ Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam

2. Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.

4. Các trường hợp thanh toán không dùng tiền mặt khác để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:

c) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán ủy quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng (bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định) thì việc thanh toán theo ủy quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật

Tại điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2016 của Bộ Tài chính quy định:

“Điều 6. Các khoản chi được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế

1. Trừ các khoản chi không được trừ nêu tại Khoản 2 Điều này, doanh nghiệp được trừ mọi khoản chi nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau:

a) Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.

b) Khoản chi có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.

c) Khoản chi có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.

Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thực hiện theo quy định của các văn bản pháp luật về thuế giá trị gia tăng.

 Căn cứ theo các quy định nêu trên, đề nghị Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh rà soát đối với trường hợp Chi nhánh Công ty Cổ phần Better Resin nếu do giai đoạn đầu mới thành lập, các hợp đồng thuê đất, xây dựng, mua máy móc thiết bị vật tư, chi nhánh ký hợp đồng nhưng đơn vị thanh toán trực tiếp qua ngân hàng là Công ty mẹ (có trụ sở tại Bình Dương) thì được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN các khoản chi có đầy đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định.

Đối với hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên do Công ty mẹ thanh toán thay chi nhánh Công ty Cổ phản Better Resin phải có chứng từ thanh toán tham chiếu đối với các hóa đơn, hợp đồng tương ứng.